[发明专利]用序列标签进行大规模生物分子分析在审

专利信息
申请号: 202011257884.0 申请日: 2014-06-30
公开(公告)号: CN112375816A 公开(公告)日: 2021-02-19
发明(设计)人: T·阿斯布瑞;K·赫特沃尔德;C·科特瓦利瓦勒;M·法哈姆;M·穆尔黑德;L·翁;T·威特科普;J·郑 申请(专利权)人: 适应生物技术公司
主分类号: C12Q1/6874 分类号: C12Q1/6874;C12Q1/686;C12Q1/6886;G16B30/10;G16B25/20
代理公司: 北京市金杜律师事务所 11256 代理人: 陈文平;袁元
地址: 美国华*** 国省代码: 暂无信息
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摘要:
搜索关键词: 序列 标签 进行 大规模 生物 分子 分析
【说明书】:

本发明涉及通过对一个或多个序列标签进行多重扩增,并将所述序列标签附接至靶核酸和/或其拷贝,然后对所述扩增产物进行高通量测序,从而执对核酸群体进行基于序列的分析。在一些实施例中,本发明包括以下连续步骤:延伸引物、去除未延伸的引物和添加新的引物用于扩增(例如通过PCR)或用于额外的引物延伸。本发明的一些实施例涉及对接受癌症治疗的患者进行微小残留病灶(MRD)分析。将序列标签引入序列读段为测定克隆型提供了有效方法,同时为检测来自同一患者的其他样本的遗留污染或来自曾在同一实验室中曾检测的其他患者的样本的遗留污染提供了一种便利方法。

本申请是申请日为2014年6月30日、申请号为2014800481194、发明 名称为“用序列标签进行大规模生物分子分析”的发明专利申请的分案申 请。

交叉引用

本专利申请要求于2013年7月1日提交的美国临时专利申请No. 61/841,878以及于2014年5月21日提交的美国临时专利申请No. 62/001,580的优先权,两者均以引用方式全文并入本文。

序列表

本申请包含序列表,该序列表以ASCII格式通过EFS-Web提交并且据 此全文引入以供参考。所述ASCII副本创建于2014年6月27日,名称为 848US00-SL-ST25.txt,文件大小为2千字节。没有添加新客体。

背景技术

由于大规模DNA测序的速度和便利性提高,并且其每个碱基的成本降 低,所以大规模DNA测序在诊断和预后中的应用迅速扩展,例如Ding et al,Nature,481(7382):506-510(2012)(Ding等人,《自然》,2012年,第 481卷,第7382期,第506-510页);Chiu et al,Brit.Med.J.,342:c7401 (2011)(Chiu等人,《英国医学期刊》,2011年,第342卷,第c7401页);Ku et al,Annals of Neurology,71(1):5-14(2012)(Ku等人,《神经学 年鉴》,2012年,第71卷,第1期,第5-14页)等等。具体地讲,编码 免疫分子(如T细胞或B细胞受体,或者它们的组分)的核酸谱包含大量 有关生物体健康状态或疾病的信息,因而已提出将此类谱用作多种病症的 诊断或预后指标,例如Faham and Willis,U.S.patents 8,236,503and8,628927 (Faham和Willis,美国专利8,236,503和8,628927);Freeman et al, GenomeResearch,19:1817-1824(2009)(Freeman等人,《基因组研究》,2009年,第19卷,第1817-1824页);Han et al,J.Immunol.,182(1001): 42.6(2009)(Han等人,《免疫学杂志》,2009年,第182卷,第1001 期,第42.6页);Boyd et al,Sci.Transl Med.,1(12):12ra23(2009)(Boyd等 人,《科学转化医学》,2009年,第1卷,第12期,第12-23页);He et al,Oncotarget(March 8,2011)(He等人,《肿瘤标靶》,2011年3月8 日)。

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