[发明专利]用于前列腺癌复发的预后的基因表达面板

说明书

本发明公开了一种用于预测个体中前列腺癌的进展的系统，该系统包含：装置，该装置被配置为确定来自从个体采取的生物样品的核酸的表达水平；以及硬件逻辑，该硬件逻辑被设计或被配置为执行操作，该操作包含：(a)接收来自从个体采取的生物样品的标记基因的集合的表达水平，其中标记基因的集合包括CLEC4F、OAS2、PGC、UPK3B、PCBP3、EDARADD、GPR81、GLDC、RAPGEF1、DUOXA2、C2或f43、DUOX1、或NPR3；(b)将表达水平应用到使标记基因的集合的表达水平与前列腺癌进展关联的预测模型；以及(c)评估预测模型的输出以预测所述个体中前列腺癌的进展。

本申请是申请人为启迪公司、南加利福尼亚大学，发明名称为“用于前列腺癌复发的预后的基因表达面板”，国家申请号为201580004797.5，进入中国国家阶段日期为2016年07月15日(国际申请日为2015年01月16日)的发明专利申请的分案申请。

相关申请的交叉引用

本申请要求美国临时申请号为61/928,361、申请日为2014年1月16日的美国专利申请的益处和优先权，该优先权的内容通过引用以其整体在此并入并且用于所用目的。

背景技术

前列腺癌(PCa)是美国男性中最常见的癌症并且是癌症死亡的第二主要原因。治疗人类前列腺癌的进展已由于发现组织学上相同的癌症可以表现出广泛不同的临床行为而受到阻碍。例如，在诊断有前列腺癌的一些男性中，疾病随延长的自然发展过程缓慢地进展，而在其它患者中，疾病进展可以是迅速的并且确定的局部治疗可能是无效的。

改进的早期检测已导致更多的男性被诊断患有局部的前列腺癌(PCa)；然而，在诊断后的临床病程是多样化的，观察到的复发多达患者的三分之一，甚至在根治性前列腺切除术之后。因此，大约60％被诊断为低风险的男性选择进行RP作为他们的主要治疗。然而，如果神经保留外科手术不可能，则RP可能携带影响生活质量的潜在副作用，比如尿失禁和阳痿。近距离放射治疗法和外部射线束放射治疗法也是治疗的选项，是约15％的低风险患者的主要治疗的选择。主动监测或观察等待是被大多数患者最少喜爱的选择，在美国仅仅约10％的患者选择主动监测。延迟治疗对于可能具有不会进一步进展的肿瘤的低风险疾病的男性是期望的，以便降低与生活质量相关的健康的副作用的负面影响。据报道，选择根治性前列腺切除术的约30％的患者真实地具有疾病复发的低风险并且如果他们选择主动监测(AS)则可以受益更多。相反地，归类为PCa相关的死亡的高风险的男性将因在诊断时对他们的疾病积极地治疗而受益，而不是等待疾病复发征兆发生。所有其他患者应该经历并且保持AS，除非癌症进展的标志迫使进行确定的局部治疗。PIVOT(前列腺癌干预与观察)试验，第一次随机试验将处在等待观察的男性与经受根治性前列腺切除术至少12年随访的男性比较，表明尽管只有一小群男性可以从RP中受益，但是转移和PCa相关的死亡的风险在后续7-9年随访的人群之间看出没有差异。尽管临床变量，比如活检的格里森评分(Gleason score)、患者年龄、PSA(前列腺特异性抗原)水平、PSA动力学(PSA随时间上升速度)、肿瘤分级和体积已作为可能预测因素被研究，但是在这点上，还没有确定PCa进展的决定性预测因素。

甚至在根治性前列腺切除术之后，多达三分之一的患者可以在血清PSA水平再次可检测时体验到生化复发(BCR)(也称为PSA复发)。报告显示BCR的18％至29％的个体可进展为转移性疾病，表明BCR是暗示的且不是确定的可能恶性疾病。因此，识别RP之后处在复发危险中的患者是期望的，以便在手术后更积极地治疗他们。

总的来说，可以用来确定局部的PCa患者的预后的当前工具限制了预测准确性。这些工具包括目的在于临床中容易应用的模型和列线图，其使用比如格里森评分、临床分期、手术前的PSA水平、和在手术时收集的一些模型数据这样的临床变量的组合。

发明内容

本发明公开了一种用于预测个体中前列腺癌的进展的系统，所述系统包含：

装置，所述装置被配置为确定来自从所述个体采取的生物样品的核酸的表达水平；以及