[发明专利]检测16p11.2微缺失的引物探针组合物、试剂盒及其应用

说明书

本发明提供了检测16p11.2微缺失的引物探针组合物、试剂盒及其应用，所述引物探针组合物检测染色体16p11.2上32.5～33.8M缺失突变；所述引物探针组合物包括SEQ ID NO:1～3、SEQ ID NO:4～6、SEQ ID NO:7～9、SEQ ID NO:10～12和SEQ ID NO:13～15。本发明针对染色体16p11.2上32.5～33.8M区域内近1.25Mb缺失突变，选择5个特定的缺失位点设计特异性引物和Taqman探针，实现了利用基于Taqman的特异、灵敏的多重qPCR直接检测16p11.2微缺失状态的效果。

技术领域

本发明属于核酸检测技术领域，涉及检测16p11.2微缺失的引物探针组合物、试剂盒及其应用。

背景技术

16p11.2微缺失综合征是一类先天性基因缺陷病，常用的分子诊断方法包括微阵列比较基因组杂交(Array comparative genomic hybridization，array CGH)、多重连接探针扩增分析(Multiplex ligation-dependent probe amplification，MLPA)、荧光原位杂交分析(FISH)和定量聚合酶链连锁反应(qPCR)等。

目前临床上常用的array CGH，微阵列芯片属于寡核苷酸平台，检测结果准确性弱，还需要进一步检测才能确定DNA缺失的长度，且芯片检测法存在检测时间长的问题，检测周期大于5天，检测成本高。MLPA是一种定量聚合酶反应分析方法，能够检测出DNA重复序列的数目，然而该方法的检测周期也大于 5天，检测不同的缺失区间需要定制探针，检测成本高。FISH技术作为检测 16p11.2微缺失综合征的金标准，可以检测到DNA缺失，但是无法确定缺失片段的大小，检测成本高，不适合作为疾病筛查方法。qPCR是功能强大的基因检测方法，仅需针对特定目标区域设计探针引物即可检测出DNA重复序列的数目，检测周期短，成本低，适合于临床筛查16p11.2微缺失表征的患者。

CN109182493A公开了人16p11.2微缺失综合征检测的引物和试剂盒及其检测方法，主要采用基于SYBR Green I染料法的qPCR反应体系，与质控对照组ΔCt进行比较，判断是否发生杂合缺失，该方法只能间接推断是否患有16p11.2 微缺失综合征，检测结果存在一定误差。

CN105624308A公开了一种检测染色体16p11.2微缺失的产品，通过检测染色体16p11.2上29.5～30.1Mb区域内的SNP位点的基因型，判断是否存在染色体微缺失，亦是属于间接检测法，不能直接检测染色体微缺失。

因此，有必要建立一种直接检测方法，用于16p11.2微缺失综合征的筛查和检测。

发明内容

针对现有技术的不足和实际需求，本发明提供了检测16p11.2微缺失的引物探针组合物、试剂盒及其应用，所述引物探针组合物为针对染色体16p11.2上特定缺失的1.25Mb区间设计的，基于Taqman探针法的qPCR反应体系实现了对目标区域的直接、准确、快速检测。

为达此目的，本发明采用以下技术方案：

第一方面，本发明提供了检测16p11.2微缺失的引物探针组合物，所述引物探针组合物检测染色体16p11.2上32.5～33.8M区间的缺失突变；

所述引物探针组合物包括(a)～(e)：

(a)检测第一缺失区段F1R1的引物探针：

上游引物SEQ ID NO:1：GGGTCAGAGCATGTGCATAA；

下游引物SEQ ID NO:2：CACAGAGAATCAGGGAGAAAGG；

探针SEQ ID NO:3：CTGCATCAGGTTCTGGGCTCCA；

(b)检测第二缺失区段F2R2的引物探针：