[发明专利]基于TCGA数据库鉴定的一组免疫相关分子标志物在食管癌预后预测中的应用

权利要求书

1.基于TCGA数据库鉴定的组织中一组免疫相关分子标志物在食管癌预后中的应用，其特征在于：具体为：建立与食管癌预后相关的免疫基因预后模型；建立模型的方法为：

步骤1数据收集和处理，TCGA数据库获取食管癌的免疫相关基因转录组数据、临床数据和随访数据；

步骤2筛选差异表达基因，使用Edger算法寻找差异表达基因；

步骤3差异表达免疫相关基因的鉴定，将差异表达基因与免疫基因杂交，检验分析获得与食管癌相关的免疫差异表达基因；

步骤4转录因子-免疫差异表达基因调控网络的转录因子分析与构建，构建转录因子与与预后相关的免疫差异基因之间的相互作用网络；

步骤5生存分析，将免疫差异基因与步骤1中的临床数据和随访数据的生存资料进行整合，采用R软件生存软件包进行单因素Cox分析；

步骤6免疫基因预测模型的开发，获得与预后相关的免疫相关差异表达基因，采用多元Cox回归方法，建立了基于食管癌免疫相关基因的预后风险指数评估模型，风险指数的计算公式为：与预后相关的免疫差异基因模型风险指数＝多变量Cox回归的系数×基因表达水平。

2.基于权利要求1所述的应用，其特征在于：步骤2中，使用Edger算法寻找差异表达基因，将|logFC|1、FDR0.05作为筛选标准。

3.基于权利要求1或2所述的应用，其特征在于：步骤3中，利用R软件的edgeR软件包和Wilcoxon检验分析获得与食管癌相关的免疫差异表达基因。

4.基于权利要求1所述的应用，其特征在于：所述食管癌分为食管鳞癌和食管腺癌。

5.基于权利要求4所述的应用，其特征在于：食管鳞癌预后相关的免疫基因预后模型基于12个基因建立；12个基因具体为：HLA-B、S100A12、SLC40A1、FABP9、CD14、APLN、BMP1、BMP4、FGF19、IGF2、OSM、EGFR；

食管腺癌预后相关的免疫基因预后模型基于11个基因建立；11个基因具体为：ULBP1、IL1B、FABP2、MAPT、CST4、CACYBP、DLL4、IL17A、PGF、TNFSF18、OXTR。

6.基于权利要求5所述的应用，其特征在于：风险分值的计算公式如下：

食管鳞癌的风险分数＝0.006486756×HLA-B+0.003511031×S100A12-0.134223077×SLC40A1+0.785407491×FABP9-0.021149907×CD14+0.238292334×APLN-0.226841694×BMP1+0.315827065×BMP4+0.00809996×FGF19+0.118629975×IGF2+1.008924188×OSM-0.01772927×EGFR；

食管腺癌的风险分数＝-1.230594393×ULBP1+0.060399108×IL1B+0.163713621×FABP2+2.31747042×MAPT+0.139658347×CST4+0.132029819×CACYBP+0.156437833×DLL4+1.690819322×IL17A-0.428632286×PGF+0.943049137×TNFSF18+0.568394224×OXTR。