[发明专利]一种利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法

权利要求书

1.一种利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，其特征在于，所述利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法包括以下步骤：

步骤一、取蚕豆幼苗嫩叶作为样品，液氮研磨后提取样品基因组DNA；

步骤二、构建RAD文库，基因组DNA使用EcoRI酶切，利用PCR扩增的方法富集文库，采用琼脂糖凝胶回收目的条带，单末端进行测序；

步骤三、生成原始序列并进行序列质控分析，去除小于85bp的序列，得到筛选后的序列，并根据序列相似性将筛选后的序列聚类生成RAD-tags，将RAD-tags聚类分群进行SNPcalling，矫正SNP基因型；

步骤四、选择覆盖SNP位点、全长为100bp的序列，设计KASP引物，并使得每个KASP引物标记分别包括用于区分SNP等位变异的两条正向引物序列和一条通用的反向引物序列，SNP基因分型进行SNP信号检测。

2.如权利要求1所述的利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，其特征在于，所述步骤一中的蚕豆幼苗嫩叶为生长1周的蚕豆幼苗嫩叶。

3.如权利要求1所述的利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，其特征在于，在所述步骤一中，提取样品基因组DNA后，还包括：

利用琼脂糖凝胶电泳检测所提取的样品基因组DNA的质量，并使用NanoDrop2000超微量分光光度计检测所提取的样品基因组DNA浓度。

4.如权利要求1所述的利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，其特征在于，所述步骤二中，基因组DNA使用EcoRI酶切时，对酶切片段的3'端加‘A’处理，连接MID接头；单末端测序使用Illumina HiSeq2000平台。

5.如权利要求1所述的利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，其特征在于，所述步骤三中，原始序列由Illumina base calling软件CASAVA v1.8.2生成，并使用Trimmomatic软件在默认参数下进行序列质控分析。

6.如权利要求1所述的利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，其特征在于，所述步骤三中，根据序列相似性使用ustacks软件将筛选后的序列聚类生成RAD-tags，并使用cstacks软件在默认参数下将RAD-tags聚类分群进行SNP calling，最后使用贝叶斯算法矫正SNP基因型。

7.如权利要求1所述的利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，其特征在于，所述步骤四中，采用Kraken^TM软件设计KASP引物。

8.如权利要求1所述的利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，其特征在于，所述步骤四中，SNP基因分型采用IntelliQube高通量基因分型检测平台进行SNP信号检测。

9.如权利要求1所述的利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，其特征在于，所述步骤四中，SNP基因分型进行SNP信号检测时，单点反应体积为1.6μL，其中样品DNA 0.8μL，2xMaster mix和Primer mix混合后的体积为0.8μL。

10.如权利要求1所述的利用简化基因组测序数据鉴定蚕豆SNP的方法，其特征在于，所述步骤四中，SNP基因分型进行SNP信号检测时，PCR扩增程序为95℃温度下15min，94℃温度下20s，61-55℃温度下60s，共10个循环；94℃温度下20s，55℃温度下60s，共26个循环。