[发明专利]用于结直肠癌患者基因检测的目标基因组以及相关的评估方法、用途和试剂盒

说明书

本发明提供了一种用于结直肠癌患者基因检测的目标基因组、以及基于该目标基因组的肿瘤突变负荷检测必要性高低的评估方法和免疫治疗受益性的评估方法，其中的目标基因组用于评估结直肠癌患者进行肿瘤突变负荷检测的必要性高低，其中，所述目标基因组包括以下基因：APC、ATM、FAT3、KRAS、LRP1B、LRP2、PIK3CA、SPTA1以及TP53。

技术领域

本发明属于生物信息领域，具体涉及一种用于结直肠癌患者基因检测的目标基因组以及相关的评估方法、用途和试剂盒。

背景技术

下一代测序(NGS)技术的出现为癌症精准治疗带来了一个新时代。NGS能够在单片检测数百种常见的癌症相关基因，不仅是基于酪氨酸激酶抑制剂(TKI)的靶向治疗的首选，也是基于免疫检查点抑制剂(ICI)的免疫治疗不可缺少的。

虽然靶向治疗首次证明了精准药物和针对关键驱动突变(如EML4-ALK融合或EGFRL858R突变)的小分子抑制剂在结直肠癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的有效性，并被证明取得了显著的成功，但通常在几个月内就会出现耐药性，而且不良反应可能会非常严重。近年来，免疫疗法通过激活和激活人体自身的免疫系统来摧毁癌细胞，显示出巨大的希望，并引起越来越多的关注。然而，尽管免疫疗法疗效显著，但其适用性有限，大多数癌症类型的只有10％-20％的患者有反应。

在不同的癌症类型中，肿瘤突变负荷(TMB)已经成为免疫治疗成功的一个强有力的生物标志物。这反映了许多分子开关的竞争，TMB有一个清晰的基本原理，但复杂的机制。下游与新抗原负荷(NAB)密切相关，影响免疫原性。在上游，它可能有多种驱动因素，从遗传因素(如HRD、dMMR或极突变)到环境因素(如吸烟或过度日晒)。因此，TMB作为生物标志物的吸引力不仅在于它的理论可靠性，还在于它的广泛覆盖。

所以，根据肿瘤突变负荷的大小，可以在所有癌症中以用于选择治疗可以高获益的人群，以提高免疫疗法的经济学性能，进而避免不必要的资源浪费。

但是，因为肿瘤突变负荷是统计癌组织上全部基因的突变情况，这样就需要对癌组织进行全基因组测序，价格昂贵，即使用FDA批准的只是覆盖全外显子+关键基因内含子的方式(也即包括多个关键基因的大panel方式)进行检测，也由于基因数量众多，所以价格仍然较高，患者难以承受，并且，进行全基因组或大panel方式检测的时间也较长，所以往往容易让其实免疫治疗受益性并不好的患者错过其他治疗方案的最佳治疗时间，所以显然，直接进行肿瘤突变负荷检测以评估患者的免疫治疗的受益性，在应用中不能满足实际情况。

发明内容

本发明提供一种用于结直肠癌患者基因检测的目标基因组、以及基于该目标基因组的肿瘤突变负荷检测必要性高低的评估方法和免疫治疗受益性的评估方法。

为了实现上述目的，本发明采用了如下技术方案：

本发明提供了一种用于结直肠癌患者基因检测的目标基因组，其特征在于：目标基因组用于评估结直肠癌患者进行肿瘤突变负荷检测的必要性的高低，其中，目标基因组包括以下基因：APC、ATM、FAT3、KRAS、LRP1B、LRP2、PIK3CA、SPTA1以及TP53。