[发明专利]一组用于华东木犀物种的特异性叶绿体基因变异位点鉴定的DNA探针及其鉴定方法

权利要求书

1.一种用于华东木犀物种的特异性叶绿体基因变异位点鉴定的DNA探针，其特征在于，所述DNA探针能够与华东木犀叶绿体基因组完整序列中的特异性叶绿体基因变异位点结合；

所述华东木犀叶绿体基因组完整序列的GenBank号为：MK841488.1；

所述特异性叶绿体基因变异位点在基因组上的序号为2200；

所述特异性叶绿体基因变异位点的变异类型是T-A；

所述DNA探针具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。

2.根据权利要求1所述的一种用于华东木犀物种的特异性叶绿体基因变异位点鉴定的DNA探针，其特征在于，所述DNA探针上标记有示踪剂。

3.根据权利要求2所述的一种用于华东木犀物种的特异性叶绿体基因变异位点鉴定的DNA探针，其特征在于，所述示踪剂为同位素标记、非同位剂标记中的一种或者多种。

4.根据权利要求3所述的一种用于华东木犀物种的特异性叶绿体基因变异位点鉴定的DNA探针，其特征在于，所述非同位素标记为酶或者有色基团。

5.根据权利要求4所述的一种用于华东木犀物种的特异性叶绿体基因变异位点鉴定的DNA探针，其特征在于，寻找所述华东木犀物种的特异性叶绿体基因变异位点的方法包括以下步骤：

1)采用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台，对三个不同来源的华东木犀叶片进行叶绿体全基因组测序；

2)使用CLC Genomics Workbench v9对raw reads进行修剪，然后使用NOVOPlasty程序将得到的clean reads组装成叶绿体基因组；

3)使用CpGAVAS对上一步合成的叶绿体基因组进行注释；

4)从NCBI细胞器基因组和核苷酸资源数据库，下载已知的23个木犀属物种的叶绿体基因组；

5)使用MAFFT软件对步骤2)得到的叶绿体基因组和步骤4)下载的23个木犀属物种的叶绿体基因组进行比对；

6)使用MEGA6软件利用邻接法构建系统进化树，找到华东木犀特有的变异位点。

6.一种快速鉴定华东木犀物种的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)提取待测植物的叶绿体基因组DNA；

(2)以步骤(1)提取的叶绿体基因组DNA为模板，进行PCR扩增，利用如权利要求1-5任一项所述的DNA探针检测所述特异性叶绿体基因变异位点存在与否；

(3)若经检测，所述特异性叶绿体基因变异位点存在，则判断该待测植物鉴定为华东木犀。

7.一种鉴定华东木犀物种的试剂盒，其特征在于，包含权利要求1-5任一项所述的DNA探针。