[发明专利]利用特异性SNPs和/或INDELs位点鉴定白耳黄鸡的方法

说明书

本发明涉及生物技术领域及遗传育种领域，具体涉及利用特异性SNPs和/或INDELs位点鉴定白耳黄鸡的方法。本发明提供了BE_tag1‑15共15个白耳黄鸡的特异性遗传位点，所述遗传位点包括SNPs位点和INDELs位点，本发明还提供检测以上所述遗传位点的引物组合，芯片和试剂盒。本发明提供的特异性遗传位点分布在不同染色体上，特异性高，每个位点白耳黄鸡的鉴定率均在90％以上，因此，以本发明提供的特异性遗传位点组合进行白耳黄鸡的鉴定，准确性更高。

技术领域

本发明涉及生物技术领域及家禽遗传资源领域，具体涉及利用特异性SNPs和/或INDELs位点鉴定白耳黄鸡的方法。

背景技术

白耳黄鸡，属蛋用型早熟地方品种，也称白银耳鸡、上饶地区白耳鸡、江山白耳鸡，因耳叶白色而得名。该鸡是中国国家地理标志产品，2006年被列为国家级畜禽遗传资源保护名录。然而，在养殖推广白耳黄鸡的过程中，由于技术门槛和养殖成本较低，一些养殖户将白耳黄鸡与外来鸡种随意交配，以杂交后代冒充白耳黄鸡在市场销售，严重影响白耳黄鸡品牌。

目前针对白耳黄鸡的研究还不多见，尤其是对白耳黄鸡品种的鉴定，尚处于研究空白。

发明内容

本发明主要目的是提供一种利用特异性SNPs和/或INDELs位点鉴定白耳黄鸡的方法，为白耳黄鸡品种的鉴定和保护提供技术支持。

为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

本发明目的之一提供一种白耳黄鸡的鉴定方法，利用特异性SNPs和/或INDELs位点进行鉴定；所述特异性SNPs位点包括以下任意一个或几个：

BE_tag2位于鸡1号染色体190447715处，基因CCDC90B第2内含子，白耳黄鸡基因型为TT；

BE_tag4位于鸡3号染色体31115624处，基因ABCC10第2内含子，白耳黄鸡基因型为GG；

BE_tag5位于鸡5号染色体58105433处，基因NIN第29外显子，白耳黄鸡基因型为TT；

BE_tag6位于鸡6号染色体24835856处，基因SH3PXD2A第3内含子，白耳黄鸡基因型为GG；

BE_tag7位于鸡7号染色体31856227处，基因LRP1B第1内含子，白耳黄鸡基因型为TT；

BE_tag9位于鸡12号染色体1737573处，基因PRKCD的UTR5区域，白耳黄鸡基因型为GG；

BE_tag10位于鸡14号染色体6552214处，基因TBL3第21内含子，白耳黄鸡基因型为GG；

BE_tag11位于鸡18号染色体2826699处，基因HS3ST3B1与基因METRNL之间，白耳黄鸡基因型为CC；

BE_tag12位于鸡19号染色体6892943处，基因LOC101749175第2内含子，白耳黄鸡基因型为TT；

BE_tag13位于鸡23号染色体5353166处，基因LOC112530206的UTR5区域，白耳黄鸡基因型为CC；

BE_tag14位于鸡24号染色体5226317处，基因SIDT2的UTR5区域，白耳黄鸡基因型为CC；

BE_tag15位于鸡Z染色体70634838处，基因CORO2A与基因LOC101748661之间，白耳黄鸡基因型为AA。

进一步地，所述特异性INDELs位点包括以下任意一个或几个：

BE_tag1位于鸡1号染色体66034245处，基因SOX5第9内含子，白耳黄鸡基因型为TT/TT，突变基因型为缺失TT；