[发明专利]一种鉴定萝卜花色控制基因InDel标记及应用

说明书

本发明提供一种鉴定萝卜花色控制基因的InDel分子标记及应用，所述InDel分子标记正向引物序列如SEQ ID NO.4所示，反向引物包括第一反向引物及第二反向引物，所述第一反向引物的序列如SEQ ID NO.5所示，所述第二反向引物序列如SEQ ID NO.6所示。与现有技术相比，本发明的有益效果在于：通过检测提供的特异性片段的缺失或插入，在幼苗期即可检测萝卜花色，可用作后续鉴定及育种。

技术领域

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种鉴定萝卜花色控制基因的InDel分子标记及应用。

背景技术

萝卜(Raphanus sativusL.)是我国重要的大宗蔬菜之一，属于十字花科萝卜属蔬菜作物。萝卜花色变异多样，具体可分为白色、紫色、红色、黄绿色等。萝卜花瓣颜色的变异的驱动力主要来源于对授粉者的吸引，进而影响自身的授粉效率及其结实率，是萝卜的重要农艺性状之一。采用传统的育种方法获得人们关注性状的相应品种工作量大，育种效率低且育种周期长。

随着分子生物学的发展，分子标记辅助选择越来越成为一种重要的育种技术。分子标记辅助选择是利用分子标记对目标性状进行选择，在苗期就可以对杂交后代进行筛选，可极大的减少工作量、缩短育种周期、提高育种效率。分子标记辅助选择是植物遗传育种中广泛使用的技术，可供使用的分子标记主要有RFLP、RAPD、AFLP、SSR、InDel和SNP等。在上述几种分子标记方式中，RFLP、RAPD和AFLP数量均较少且检测方式繁琐，SNP分子标记开发成本和检测成本高昂，而InDel分子标记由于不需要使用二次测序和试剂盒检测，因此具有操作简便，检测成本低的优势。

发明内容

为解决上述技术问题，本发明提供一种鉴定萝卜花色控制基因InDel标记及应用。

具体技术方案如下：

一种与萝卜花色相关的插入/缺失片段，其不同之处在于，序列如SEQ ID NO.1所示。

与萝卜花色相关的插入变异/缺失变异起始于7号染色体的5098497bp

上述插入/缺失片段在选育或鉴别萝卜花色中的应用。

与现有技术相比，本发明的有益效果在于：通过检测提供的特异性片段的插入/缺失，可在幼苗期即可检测萝卜花色，可用作后续鉴定及育种。

一种鉴定萝卜花色InDel分子标记的引物，其不同之处在于，所述InDel分子标记引物的正向引物序列如SEQ ID NO.4所示，反向引物包括第一反向引物及第二反向引物，所述第一反向引物序列如SEQ ID NO.5所示，所述第二反向引物序列如SEQ ID NO.6所示。

该分子标记在鉴定序列如SEQ ID NO.1所示的基因片段在萝卜组织基因型中缺失还是插入中的应用。

与现有技术相比，本发明的有益效果在于：相较于采用传统的两条正反引物对进行检测，本发明采用一条正向引物及两条反向引物检测2228bp的插入片段，同时将扩增时间减少至30s，提高检测效率。

一种包括上述引物的试剂盒。

与现有技术相比，可以通过试剂盒进行扩增进行快速检测。

一种利用上述InDel分子标记引物鉴定萝卜花色的方法，其不同之处在于，采用一组3条引物鉴定所述萝卜花色，方法包括：

以萝卜基因组DNA为模板，采用上述InDel分子标记引物扩增，检测萝卜组织基因型中，序列如SEQ ID NO.1的基因片段是插入还是缺失，判断萝卜花色呈白色还是呈紫色；

如萝卜组织基因的基因型为插入所述基因片段的纯合子，则萝卜花色呈白色；

如萝卜组织基因的基因型为缺失所述基因片段的纯合子，则萝卜花色呈紫色；