[发明专利]一种非综合征型唇腭裂遗传风险预测模型

说明书

本发明公开了一种非综合征型唇腭裂遗传风险预测模型，其公式为：式中，k为SNP位点的个数；Gi表示第i个SNP位点遗传风险等位基因的个数，即为0，1，2；βi表示第i个SNP位点的权重；SNP为rs139860270、rs1883873、rs139530062、rs144415105、rs55816698、rs139860270、rs6989548、rs12952376。本发明的遗传风险评分模型将8个SNPs的微弱效应进行叠加，大大提高了对非综合征唇腭裂遗传风险的预测。本发明首次提出遗传风险评分模型评估对非综合征唇腭裂的遗风险能力。该模型准确性强，可以为我国的唇腭裂的风险评估及防控提供更加全面、准确、个体化的科学依据。

技术领域

本发明属于遗传病诊断技术领域，涉及一种与非综合征型唇腭相关的加权遗传风险预测模型。

背景技术

先天性唇腭裂是一种常见的出生缺陷，主要分为综合征型唇腭裂和非综合征型唇腭裂，发病率约为1/700。唇腭裂患者主要变现为单纯唇裂、单纯腭裂以及唇腭裂，患有综合征型唇腭裂的患者往往还伴随着其他方面的缺陷，比如：脑部结构畸形等。唇腭裂患者出生时，往往会出现进食困难等问题，而且随着时间的推移，唇腭裂患者还可能出现语言障碍，听力丧失等症状。即使通过手术治愈，唇腭裂患者还可能产生一些心理上的问题，为个人和家庭带来沉重的负担。

先天性唇腭裂的发病受环境和遗传的共同影响。母体在妊娠期间吸烟、饮酒或者缺乏叶酸均有可能造成胎儿唇腭裂的发生，另外，孕妇在工作生活环境中是否暴露于有毒物质中也有可能导致胎儿唇腭裂畸形。人们通过对唇腭裂家系的研究发现唇腭裂的发病具有家族聚集性，患者的家属经常伴有唇腭裂或者其他畸形，提示唇腭裂的发生受遗传因素的影响。通过家系分析，相关动物模型的构建，人们确定了一些唇腭裂的致病基因，但大多数的唇腭裂致病基因仍旧未被发现。利用GWAS、关联分析、meta分析等手段，人们锁定了一系列唇腭裂候选致病基因以及易感位点，亟需通过实验等方式进行验证。

风险评分(risk score)是流行病学研究中评价风险预测能力的重要方法之一，纳入遗传易感因素进行风险评分，从而评价遗传易感因素在风险预测模型中的效果的方法称为遗传风险评分(genetic risk score,GRS)。GRS能整合多个SNPs的综合信息来评价基因序列变异和疾病之间的联系，将每个SNPs的微弱效应进行叠加，大大提高了对疾病风险的预测。纳入遗传风险位点构建GRS模型，是评估非综合征唇腭裂遗传风险的有效手段。

然而，目前尚未见GRS模型应用于非综合征唇腭裂的遗传风险预测的研究报道。若能筛选出与非综合征唇腭裂发生密切相关的风险位点，构建GRS风险预测模型，可为我国的唇腭裂的风险评估及防控提供更加全面、准确、个体化的科学依据。

发明内容

本发明的目的是提供一种非综合征型唇腭裂遗传风险预测模型，为我国的唇腭裂的风险评估及防控提供更加全面、准确、个体化的科学依据。

本发明的目的是通过以下技术方案实现的：

一种非综合征型唇腭裂遗传风险预测模型，其公式为：

式中，k为SNP位点的个数；Gi表示第i个SNP位点遗传风险等位基因的个数，即为0，1，2；βi表示第i个SNP位点的权重；SNP为rs139860270、rs1883873、rs139530062、rs144415105、rs55816698、rs139860270、rs6989548、rs12952376。

一种上述非综合征型唇腭裂遗传风险预测模型的构建方法，包括如下步骤：

步骤一、唇腭裂样本采集

按照知情同意的原则，针对非综合征型唇腭裂患者及健康对照个体进行外周血样本的收集以及基本信息及临床资料整理；

步骤二、样本全外显子组及全基因组测序