[发明专利]一种用于检测和鉴别果胶杆菌属细菌的引物对、试剂盒及方法

说明书

本发明公开了一对用于检测和鉴别果胶杆菌属(Pectobacterium)细菌的引物及其使用方法。引物包括正向引物23SPecF和反向引物23SPecR。一种检测和鉴别Pectobacterium属细菌的方法，用引物对23SPecF和23SPecR进行PCR，能且只能从含有Pectobacterium属细菌基因组DNA的样品中扩增出266bp的核酸片段。因Pectobacterium属细菌有7个拷贝的23SrRNA基因，用引物对23SPecF和23SPecR进行PCR的检测灵敏度是用针对单拷贝基因引物的7倍，能更灵敏地检测Pectobacterium属细菌。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，特别是涉及一种用于检测和鉴别果胶杆菌属(Pectobacterium)细菌的引物对、试剂盒及方法。

背景技术

肠杆菌目(Enterobacteriales)果胶杆菌科(Pectobacteriaceae)细菌通过产生果胶酶，降解植物细胞壁中的果胶，破坏植物细胞，导致植物细胞死亡和组织软化，发生植物软腐病，为害众多蔬菜和粮食作物、观赏花卉和林木。其中Pectobacterium属和Dickeya属细菌寄主范围广泛，包括十字花科、茄科、百合科、伞形花科、菊科和禾本科等科的植物，所引发的植物软腐病严重影响农作物的产量和品质，造成严重经济损失，威胁农业生产和粮食安全。

目前，Pectobacterium属已被鉴定了18个种，Dickeya属已被鉴定了11个种，Pectobacterium属和Dickeya属绝大多数种的菌株是植物病原菌，导致细菌性植物软腐病，是植物检疫性有害生物。Pectobacterium属和Dickeya属不同种的菌株能侵染同一种植物，产生相似的病症。如在不同国家和地区，已发现能侵染马铃薯并导致软腐病害的有P.versatile,P.carotovorum,P.brasiliense,P.atrosepticum,P.betavasculorum,P.parmentieri,P.parvum,P.peruviense,P.polaris,P.actinidiae,P.punjabense,D.solani,D.dianthicola,D.dadantii,D.chrysanthemi,D.zeae等种的细菌。因此，一方面，建立可靠的方法，快速准确地鉴别近缘的软腐病原细菌，能明确病原菌的确切种类，监测病原菌的分布，预警病害的发生和流行，对于有效防控病害至关重要。如针对Dickeyadadantii特有的标志基因设计特异引物，用于PCR扩增标志基因片段，从而鉴定甘薯茎腐病病原菌，监测甘薯茎腐病的发生和流行(吴秀芹等，植物病理学报，2019，49:688-698)。另一方面，对于植物检疫部门，Pectobacterium属和Dickeya属多数细菌是检疫性有害生物，没必要区分不同种，适合用属水平甚至科水平的通用引物来检测和鉴别Pectobacterium属和Dickeya属的病原菌。