[发明专利]基于效率的qPCR初始浓度检测的高鲁棒性六参数全局拟合法有效
申请号: | 202011415495.6 | 申请日: | 2020-12-07 |
公开(公告)号: | CN112582026B | 公开(公告)日: | 2022-07-12 |
发明(设计)人: | 何屹东;姚思越;袁旭军;王振煜;陈悦民;郭彩虹;周志鹏;贡亮;张菊梅;陈鲁;张健伟 | 申请(专利权)人: | 上海科源电子科技有限公司;广东省微生物研究所(广东省微生物分析检测中心);广东环凯生物科技有限公司;上海纽钛测控技术有限公司 |
主分类号: | G16B30/00 | 分类号: | G16B30/00 |
代理公司: | 上海申汇专利代理有限公司 31001 | 代理人: | 徐俊 |
地址: | 201611 上海*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 效率 qpcr 初始 浓度 检测 高鲁棒性六 参数 全局 拟合 | ||
1.一种基于效率的qPCR初始浓度检测的高鲁棒性六参数全局拟合法,其特征在于,包括以下步骤:
步骤1、建立六参数全局拟合的递推公式如下式(1)所示:
式(1)中,Fn表示第n次循环所获得的荧光值,a、b、c、d均为模型参数;
步骤2、设定背景荧光值为参数bg,设置最初荧光值为参数F0,将包括参数bg、参数F0、参数a、b、c、d在内的总计六个参数代入式(1)所示的递推公式,获取六参数的拟合结果序列;
步骤3、将拟合结果序列和机器获取的所有实验值进行比较,利用优化算法对式(1)所示的递推公式进行优化,最终获取参数bg、参数F0、参数a、b、c、d的最优参数值;
步骤4、获取拟合后的效率变化趋势
利用基于化学原理的效率拟合公式,如下式(3)所示,代入步骤3获取的六个最优参数值,计算得到拟合后的每个扩增循环的效率值,获取效率变化趋势:
式(3)中,En表示第n次循环所获得的效率值;
步骤5、根据机理分析,将获取的效率值进行线性放缩,使得效率范围放缩到相应区间;
步骤6、反推得到精确的初始荧光值
将拟合得到的末态循环的荧光值,利用放缩后的每个循环的效率值,进行逐步反推计算,得到最初的检测荧光值;
步骤7、对应获取最初浓度值。
2.如权利要求1所述的一种基于效率的qPCR初始浓度检测的高鲁棒性六参数全局拟合法,其特征在于,利用优化算法对式(1)所示的递推公式进行优化时,设置均方差函数作为误差函数对问题进行最优化,最终获得全局拟合的参数bg、参数F0、参数a、b、c、d的最优参数值。
3.如权利要求1所述的一种基于效率的qPCR初始浓度检测的高鲁棒性六参数全局拟合法,其特征在于,步骤5中,效率值进行线性放缩时,使得效率最小值保持不变,效率最大值放缩到2。
4.如权利要求3所述的一种基于效率的qPCR初始浓度检测的高鲁棒性六参数全局拟合法,其特征在于,步骤5中,设放缩后的第n次循环的效率值为则有:
式(4)中,Emin为步骤4获得的效率最小值,Emax为步骤4获得的效率最大值。
5.如权利要求1所述的一种基于效率的qPCR初始浓度检测的高鲁棒性六参数全局拟合法,其特征在于,步骤7中,根据已知的荧光值大小和初始浓度的对应关系曲线,或者已知的一对荧光值和初始浓度的数据对,通过对照曲线或者等比计算,得到本次实验的初始检测荧光值对应的初始浓度。
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