[发明专利]一组检测琅琊鸡特异性遗传位点的引物组合及应用

说明书

本发明属于生物技术领域，涉及一组检测琅琊鸡特异性遗传位点的引物组合及应用。本发明筛选得到了关于琅琊鸡的多个品种特异性遗传位点，包括多个特异性SNP位点和一个特异性INDEL位点。本发明首次筛选到关于琅琊鸡的特异性INDEL位点，且所述INDEL位点用于琅琊鸡品种鉴定率分别高达90％，能够实际有效地将琅琊鸡鉴定出来。同时，本发明筛选得到的特异性SNP位点对琅琊鸡的鉴定也具有较高的鉴定率。因此，将本发明所述特异性遗传位点进行组合，可有效用于琅琊鸡的鉴定。本发明还提供了各特异性遗传位点的检测引物及其组合，所述引物特异性强，准确率高，更有利于大规模推广用于琅琊鸡的鉴定。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一组检测琅琊鸡特异性遗传位点的引物组合及应用。

背景技术

琅琊鸡原产于山东省胶南市南部沿海的琅琊、寨里、泊里、信阳等一带，因这一带历史上属“琅琊郡”，故称“琅琊鸡”，是一种十分宝贵的地方品种资源。琅琊鸡具有体格小、肉质风味好、产蛋多、抗病力强、适应性好、饲料报酬率高等优点，被列为山东地方家禽良种，并被列入山东省地方品种保护名录。早期琅琊鸡种群纯正，数量众多。但是近年来由于外来鸡种大量引进和盲目杂交，琅琊鸡数量锐减，品种质量逐渐退化。为更好的了解和保护这一宝贵的品种资源，也为了解决品种认定、知识产权纠纷，亟需一种可有效鉴定琅琊鸡的方法及产品。

发明内容

本发明主要目的是提供一组检测琅琊鸡特异性遗传位点的引物组合及应用，采用所述引物组合鉴定琅琊鸡，特异性强，准确性高。

为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

本发明目的之一，提供用于琅琊鸡种鉴定的特异性遗传位点，其包括以下所述特异性SNP位点：

LY_tag1位于鸡1号染色体53098095处，SYN3基因第6内含子，琅琊鸡基因型为AA；

LY_tag2位于鸡3号染色体11635744处，基因ETAA1与C1D之间，琅琊鸡基因型为TT；

LY_tag3位于鸡3号染色体67313160处，FOXO3基因第1内含子，琅琊鸡基因型为TT；

LY_tag4位于鸡3号染色体13563842处，基因BTBD3与LOC112532057之间，琅琊鸡基因型为TT；

LY_tag5位于鸡3染色体44507742处，PACRG基因第2内含子，琅琊鸡基因型为AA；

LY_tag6位于鸡3号染色体100351417处，基因KCNS3与RDH14之间，琅琊鸡基因型为AA；

LY_tag7位于鸡6号染色体24111197处，MFSD13A基因第1内含子，琅琊鸡基因型为TT；

LY_tag9位于鸡10号染色体11960575处，ADAMTSL3基因第2内含子，琅琊鸡基因型为CC；

LY_tag10位于鸡12染色体17101957处，PDZRN3基因第3内含子，琅琊鸡基因型为AA；

LY_tag11位于鸡19号染色体4290530处，ORAI3基因第3内含子，琅琊鸡基因型为TT；

LY_tag12位于鸡22号染色体3694766处，SNRNP200基因第29内含子，琅琊鸡基因型为CC。

进一步地，还包括以下特异性INDEL位点：

LY_tag8位于鸡7号染色体1801362-1801368处，基因LOC112532789与ZNF804A之间，琅琊鸡基因型为--缺失GCAGAGA。

本发明目的之二提供检测以上所述特异性遗传位点的引物，用于检测所述标记LY_tag1的引物为LY_P1f和LY_P1r所示两条单链DNA：