[发明专利]一种基于MLPA-NGS技术的DMD和SMA的拷贝数变异检测试剂盒及其用途

说明书

本发明公开了一种基于MLPA‑NGS技术的DMD和SMA的拷贝数变异检测试剂盒，其特征在于，包括：DMD探针集，所述DMD探针集如SEQ No.1‑160所示；SMN探针集，所述SMN探针集如SEQ No.161‑184所示；引物集，所述引物集如SEQ No.215‑234所示。本发明还公开了其应用。本发明公开的试剂盒可以同时检测DMD基因的79个外显子和SMN基因的8个外显子，并可给出SMN1和SMN2的外显子7和外显子8的拷贝数，更加方便快捷，为后续的研究能够提供大量和快速的数据。

技术领域

本发明涉及基因检测领域，具体涉及一种基于MLPA-NGS技术的DMD和SMA的拷贝数变异检测试剂盒及其用途。

背景技术

杜氏肌营养不良(Duchenne muscular dystrophy，DMD)是一种X连锁的致死性隐性遗传病，为儿童期最常见的遗传性肌肉病，发病率约为1/3500活产男婴。以进行性肌肉变性、无力和肌肉萎缩为特点，临床表现为早期生长发育轻度延迟，学会走路后常见上楼和蹲起费力，多数患儿在5岁时症状明显而得以确诊，未经治疗的情况下肌力逐渐下降，约十几岁后丧失行走能力而依赖轮椅生活，随后呼吸、骨骼、心脏并发症逐渐出现，平均死亡年龄约19岁。此外也可出现非进行性认知功能障碍。DMD是由于编码抗肌萎缩蛋白(dystrophin)的基因(DMD；locus Xp21.2)突变的结果，也被称为抗肌萎缩蛋白病。

在DMD的变异中，大约2/3来自母亲，不到1/3是新发突变。携带致病基因的男性发病，而女性不出现或出现轻微临床症状。携带致病基因的母亲有50％的几率将突变的DMD基因遗传给下一代。

约70％的DMD患者是由于DMD基因中一个或多个外显子的拷贝数变异引起的，其中缺失突变的两个热区为外显子45～54和外显子3～22；重复突变的热区主要为3～11和21～37外显子区域；其余的30％为点突变或微缺失。点突变没有显著的分布热点。

对于DMD的基因检测方法主要包括：多重PCR技术，多重连接依赖性探针扩增(MLPA)技术，NGS技术，芯片技术等，目前最为常用的手段为MLPA技术。

脊髓性肌萎缩症(spinal muscular atrophy，SMA)是一组以脊髓前角细胞(有时也累及脑干运动神经元)变性和缺失为特征的遗传性疾病，临床表现为肌无力和肌萎缩，人群发病率为1/6 000～1/10 000，携带者频率为1/40～1/60，是儿童期常染色体隐性遗传性疾病。SMA的致病基因是SMN基因，该基因包括8个外显子，同一条染色体上有二个非常相似的拷贝，一般命名为SMN1和SMN2，二个拷贝之间仅在各自的3’端有5bp不同，其中2bp在外显子7和8上，利用这一碱基差异可区分SMN1、SMN2及用作SMA的分子学诊断。数据显示，SMA患者中，约95％为SMN1基因第7和第8外显子纯合缺失或第7外显子纯合缺失所致，5％为SMN1杂合缺失、点突变或SMN1基因转化为SMN2基因所致。2013年上海对1 741例无症状孕妇进行SMA携带者筛查，检出SMN1拷贝数为1的SMA携带者45例，上海地区正常人群此致病基因携带率约为1/39。

对于SMA的基因检测有多种方法，如Sanger法测序，短片段多重定量PCR(QMPSF)，限制性片段长度多态性(RFLP)，实时荧光定量PCR(real-timePCR)，变性高效液相色谱(DHPLC)，聚合酶链式限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)等，但目前最为常用的方法是MLPA方法。

发明内容

为了克服现有技术的上述缺陷，本发明的目的在于提供一种基于MLPA-NGS技术的DMD和SMA的拷贝数变异检测试剂盒及其用途。

本发明公开的试剂盒可以同时检测DMD基因的79个外显子和SMN基因的8个外显子，并可给出SMN1和SMN2的外显子7和外显子8的拷贝数，更加方便快捷，为后续的研究能够提供大量和快速的数据。