[发明专利]水稻稻瘟病抗性基因Pi5的SNP分子标记及其应用有效
申请号: | 202011443688.2 | 申请日: | 2020-12-11 |
公开(公告)号: | CN112501339B | 公开(公告)日: | 2023-06-27 |
发明(设计)人: | 彭佩;郑秀婷;江南;唐顺学;肖金华;田冰川 | 申请(专利权)人: | 华智生物技术有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11 |
代理公司: | 广州嘉权专利商标事务所有限公司 44205 | 代理人: | 肖云 |
地址: | 410000 湖*** | 国省代码: | 湖南;43 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 水稻 稻瘟病 抗性 基因 pi5 snp 分子 标记 及其 应用 | ||
发明公开了一种水稻稻瘟病抗性基因Pi5的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记为K_090502,K_090502的多态性为T或C。利用所述分子标记,可快速、精准的检测水稻稻瘟病抗性基因Pi5。本发明在检测过程中不需要酶切、电泳及测序等繁琐的程序,减少气溶胶的污染以及EB等有毒物的使用,有利于Pi5基因高效、环保的应用于水稻商业化分子育种中。
技术领域
本发明涉及水稻育种领域,具体涉及一种水稻稻瘟病抗性基因Pi5的SNP(单核苷酸多态性)分子标记及其应用。
背景技术
水稻是重要的粮食作物,稻瘟病在水稻的整个生长过程都可能发生,严重时导致颗粒无收,威胁着粮食安全,利用水稻自身的抗病基因是防治稻瘟病是最经济有效的方式,且对环境友好。水稻抗稻瘟病基因Pi5对我国不同稻区的稻瘟病菌表现广谱抗性,在水稻育种中具有较高的利用价值。
稻抗病育种是通过抗性鉴定对植株进行表型选择,耗费时间长,且易受环境条件的限制,鉴定结果容易造成误差,选择效率较低。利用分子标记辅助选择育种简单有效,可以降低育种成本,缩短选育周期,亦可进行有目的的多基因聚合,提高育种效率,带来巨大的社会经济效益。
发明内容
本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此,本发明提出一种水稻稻瘟病抗性基因Pi5的SNP分子标记。
本发明还提出用于检测上述SNP分子标记的引物组。
本发明还提出上述SNP分子标记的检测方法。
本发明还提出上述SNP分子标记的应用。
根据本发明的第一方面实施方式的SNP分子标记,所述SNP分子标记为K_090502,其中K_090502的多态性为T或C。
根据本发明的一些实施方式,所述SNP分子标记K_090502的多态性位点位于Chr9.9644545(MSU7.0 position)。
根据本发明第二方面实施方式的用于检测上述SNP分子标记K_090502的引物组,所述引物组包括特异性引物和通用引物,其中,所述特异性引物序列包括Primer SeqAllele X和Primer Seq Allele Y,所述Primer Seq Allele X的核苷酸序列如SEQ IDNO.1所示;所述Primer Seq Allele Y的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;所述通用引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
根据本发明的一些实施方式,所述Primer Seq Allele X的5’端连接FAM或HEX荧光序列,Primer Seq Allele Y的5’端连接HEX或FAM荧光序列。
根据本发明的一些实施方式,所述引物组在水稻育种中的应用。
根据本发明的第三方面实施方式的上述SNP分子标记的检测方法,所述检测方法包括如下步骤:
S1、从水稻叶片中提取基因组DNA;
S2、以步骤S1中提取的基因组DNA为模板,利用SNP分子标记K_090502的引物,对K_090502分子标记进行检测;
S3、若K_090502的SNP位点碱基为T,判定测试的水稻样品为纯合的不抗病Pi5基因型;若检测位点碱基为C,判定测试的水稻样品为纯合的抗病的Pi5基因型;若检测位点同时检测到C、T,判断待测水稻为杂合的抗病Pi5基因型。
根据本发明的一些实施方式,优选地,步骤S1中,水稻叶片中提取基因组DNA采用简化CTAB法(十六烷基三甲基溴化铵法)。
根据本发明的一些实施方式,优选地,步骤S2中,用KASP(竞争性等位基因特异性PCR)技术对SNP位点进行检测。
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