[发明专利]龙眼SNP分子标记及其在遗传图谱构建、单果重性状定位中的应用

权利要求书

1.龙眼QTL位点在构建用于单果重性状定位的遗传图谱的方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1，以小果型龙眼凤梨朵为母本，与大果型龙眼大乌圆为父本杂交产生F1代杂交群体，提取各样品的基因组DNA；

S2，利用RAD-seq技术对母本凤梨朵、父本大乌圆以及200份F1代真杂交群体进行基因分型，并对SNP标记过滤和质量评估，将其中比对到参考基因组上唯一位置的reads挑出来，同时为了减少测序错误造成的假阳性SNP，要求亲代本每个SNP 的碱基支持数不少于4，子代每个SNP的碱基支持数不少于2，基因型质量值GQ≥20，共获得698615个多态性SNP位点；接着对分型后的hk×hk、nn×np、lm×ll 3 种子代标记类型分别进行筛选过滤，过滤掉含有异常碱基及覆盖所有子代小于85%的SNP位点，最终获得 8014个SNP标记用于构建整合遗传图谱；

S3，利用S2的8014个筛选出来的SNP标记构建遗传图谱；

S4，对S1的父母本及F1代杂交群体进行单果重性状表型鉴定；

S5，分析S3构建的遗传图谱和S4的单果重性状表型鉴定结果，采用MapQTL6.0进行QTL分析，得到与单果重性状相关的QTL位点；共得出12个与单果重性状相关的QTL位点，其中有一个位于第1号连锁群上，命名为qSFW-1-2；三个位于第四号连锁群上，分别命名为qSFW-4-1、qSFW-4-2和qSFW-4-3；一个位于第5号连锁群上，命名为qSFW-5-1；一个位于第8号连锁群上，命名为qSFW-8-1；五个位于第10号连锁群上，命名为qSFW-10-1、qSFW-10-2、qSFW-10-3、qSFW-10-4和qSFW-10-5；一个位于第14号连锁群上，命名为qSFW-14-2；各QTL位点的区间见下表：

QTL	年份	连锁群	Marker	Peak position (cM)	区间 (cM)
qSFW-1-2]]>	2010	1	np4961	135.632	132.468-135.772
qSFW-4-1]]>	2010	4	lm5198	37.846	37.437-37.846
qSFW-4-2]]>	2010	4	np5331	46.177	45.973-46.535
qSFW-4-3]]>	2010	4	np5000	58.555	57.349-58.555
qSFW-5-1]]>	2010	5	lm860	218.782	218.314-218.782
qSFW-8-1]]>	2010	8	np1216	28.17	26.709-28.17
qSFW-10-1]]>	2010	10	lm7044	28.449	28.163-28.449
qSFW-10-2]]>	2010	10	lm6346	122.589	113.193-122.589
qSFW-10-3]]>	2010	10	lm6337	128.372	123.269-133.178
qSFW-10-4]]>	2010	10	np11346	133.463	133.463-140.178
qSFW-10-5]]>	2010	10	lm13693	163.205	162.031-163.205
qSFW-14-2]]>	2010	14	np9312	195.976	195.855-202.328

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