[发明专利]一种用于鉴定大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种及其杂交种的InDel标记及其应用

说明书

本发明公开了一种用于鉴定大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种及其杂交种的InDel标记及其应用，其中，该InDel分子标记为在大口黑鲈北方亚种20号染色体第8035398～8035480位，具有长度为82bp的插入/缺失核苷酸序列。本发明中的InDel分子标记可以同时对大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种及其杂交种进行鉴定，与常规只能鉴定大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的SNP标记相比，适用范围更广，实用性更好，而且不受大口黑鲈发育时期和环境因素的影响，鉴定结果准确率高。

技术领域

本发明涉及基因标记物，具体涉及一种用于鉴定大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种及其杂交种的InDel标记及其应用。

背景技术

大口黑鲈(Micropterus Salmodes L.)，俗名加州鲈，原产于北美洲的淡水湖泊和河流。在原产地，大口黑鲈包括两个亚种：一种是大口黑鲈北方亚种(M.salmoidessalmoides)，主要分布于美国中东部、墨西哥东北部和加拿大东南部；另一种是大口黑鲈佛罗里达亚种(M.salmoides floridanus)，主要分布于美国的佛罗里达半岛南部。20世纪70年代末，中国台湾从国外引进大口黑鲈，1983年人工繁殖成功后引入广东省，在经过30多年的养殖产业发展，现已成为重要的淡水养殖品种之一。但这两个亚种的外部形态非常相似，很难从外形上进行区分鉴别，加之两个亚种之间存在自然杂交繁殖，会产生杂交子代，大大增加了大口黑鲈种质的区分鉴别难度。而准确的对大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种及其杂交种进行鉴定是开展大口黑鲈种质资源研究以及杂交育种的关键。

由于从外部形态学上不能有效准确地区分鉴别不同大口黑鲈群体的分类地位和种质来源，因此大口黑鲈群体分类地位的鉴定多通过分子生物学的手段进行。目前，常见的关于大口黑鲈亚种鉴定的研究主要集中在大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的鉴定方面，如微卫星技术和SNP分子标记。但常规方法中还是存在很多问题，如在大口黑鲈NCCRP-1基因的部分基因组序列中的SNP位点，但实际测定中两亚种杂交后的杂交种中NCCRP-1基因会出现杂合现象，导致无法通过PCR产物测序方法对大口黑鲈杂交种进行准确的鉴定，而且也难以通过琼脂糖凝胶电泳进行区分。

因此，有必要开发新的分子标记，准确对大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种及其杂交种进行鉴定，为大口黑鲈种质资源保存、种质提纯和杂交育种等提供可靠的依据。

发明内容

本发明的目的在于提供InDel分子标记；

本发明的另一目的在于提供引物组；

本发明的另一目的在于提供一种检测试剂；

本发明的另一目的在于提供一种试剂盒；

本发明的另一目的在于提供一种鉴定大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种及北方亚种×佛罗里达杂交种的检测方法；

本发明的另一目的在于提供上述InDel分子标记在大口黑鲈鉴定中的应用；

本发明的另一目的在于提供上述InDel分子标记在大口黑鲈育种繁育中的应用；

本发明的另一目的在于提供上述检测试剂或上述试剂盒在大口黑鲈鉴定中的应用。

本发明所采取的技术方案是：

本发明的第一个方面，提供：

InDel分子标记，该InDel分子标记位于大口黑鲈北方亚种20号染色体第8035398～8035480位，为长度为82bp的插入/缺失核苷酸序列。