[发明专利]紫菜薹SSR分子标记组合,SSR引物组合,SSR指纹图谱及应用有效
申请号: | 202011523049.7 | 申请日: | 2020-12-21 |
公开(公告)号: | CN112575108B | 公开(公告)日: | 2023-04-07 |
发明(设计)人: | 朱红芳;李晓锋;朱玉英;奚丹丹;高璐 | 申请(专利权)人: | 上海市农业科学院 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12N15/11 |
代理公司: | 深圳深瑞知识产权代理有限公司 44495 | 代理人: | 刘慧玲 |
地址: | 201106 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 紫菜 ssr 分子 标记 组合 引物 指纹 图谱 应用 | ||
1.一种紫菜薹品种的鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)提取待检紫菜薹样品的基因组DNA,采用SSR分子标记的引物分别对待检样品的基因组DNA进行PCR扩增;
(2)PCR扩增产物进行电泳检测和测序;
(3)根据电泳检测中扩增产物的相对位置,记录扩增产物的有无,和/或共显性标记中无效、纯合位点、杂合位点等位变异大小;所述纯合位点的等位变异大小记录为X/X,所述杂合位点的等位变异大小记录为X/Y,其中X、Y为所述位点上两个不同的等位变异;其中,紫菜薹SSR指纹图谱中“/”前为小片段,“/”后为大片段;
(4)将步骤(3)的结果对照紫菜薹SSR指纹图谱,根据样品间差异位点数,判断紫菜薹品种;
所述SSR分子标记为下述30个基因组SSR分子标记的组合:SA000189-cnu_m139a、SA000190-nia_m086a、SA000191-nia_m098a、SA000192-nia_m138a、SA000193-cnu_m046a、SA000194-nia_m121a、SA000195-cnu_m073a、SA000196-cnu_m288a、SA000197-cnu_m316a、SA000198-cnu_m327a、SA000199-nia_m101a、SA000200-cnu_m252a、SA000201-Na10-D09、SA000202-cnu_m289a、 SA000203-cnu_m442a、SA000204-cnu_m050a、SA000205-cnu_m149a、SA000206-nia_m037a、SA000207-nia_m049a、SA000208-cnu_m182a、SA000209-cnu_m295a、SA000210-cnu_m090a、SA000211-cnu_m537a、SA000212-cnu_m016a、SA000213-cnu_m530a、SA000214-cnu_m534a、SA000215-nia_m022a、SA000216-nia_m038a、SA000217-ENA2、SA000218-nia_m035a的组合;
扩增所述SSR分子标记的引物对的核苷酸序列依次为:SEQ ID NO.1-2、SEQ IDNO.3-4、SEQ ID NO.5-6、SEQ IDNO.7-8、SEQ ID NO.9-10、SEQ ID NO.11-12、SEQ IDNO.13-14、SEQID NO.15-16、SEQ ID NO.17-18、SEQ IDNO.19-20、SEQ ID NO.21-22、SEQ ID NO.23-24、SEQ IDNO.25-26、SEQ ID NO.27-28、SEQ ID NO.29-30、SEQ IDNO.31-32、SEQ ID NO.33-34、SEQ ID NO.35-36、SEQ IDNO.37-38、SEQ ID NO.39-40、SEQ ID NO.41-42、SEQ NO.43-44、SEQ ID NO.45-46、SEQ IDNO.47-48、SEQ ID NO.49-50、SEQ ID NO.51-52、SEQIDNO.53-54、SEQ ID NO.55-56、SEQ ID NO.57-58、SEQ IDNO.59-60;
所述紫菜薹样品为普通绿叶紫菜薹CK;
所述紫菜薹SSR指纹图谱如下所示:
。
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