[发明专利]一种用于检测抗稻瘟病Pik基因的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种抗稻瘟病Pik基因座的SNP分子标记及应用，所述SNP分子标记的多态性位于第11号染色体第27998933位点处碱基为T/C。该分子标记基于KASP技术开发，可高通量检测水稻基因组第11号染色体的Pik基因座。本发明应用KASP技术对SNP分子标记进行基因分型，具有操作简便、成本低廉、检测周期短、标记稳定等的优点，该分子标记与抗稻瘟病显著相关，可用来鉴定抗稻瘟病Pik基因、辅助育种或者培育具有抗稻瘟病能力的水稻，对水稻稻瘟病的抗性改良具有重要意义。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种用于检测抗稻瘟病Pik基因的SNP分子标记及其应用。

背景技术

水稻是重要的粮食作物，稻瘟病在水稻的整个生长过程都可能发生，严重时导致颗粒无收，威胁着粮食安全，利用水稻自身的抗病基因是防治稻瘟病是最经济有效的方式，且对环境友好。

位于水稻第11染色体长臂近端粒处的Pik基因座是抗稻瘟病基因研究的热门位点，该位点上有Pik、Pi-1、Pik-h/Pi54、Pik-m、Pik-p和Pik-s等多种等位基因，其中Pik和Pi-1是水稻主效抗稻瘟病基因之一，对许多中国稻瘟病小种有较强的抗性。研究结果显示，Pik基因座定位在SSR标记RM1233和RM224之间，一般由抗性由2个紧密连锁、具有独立功能的NBS-LRR基因协同作用，这些复等位基因之间序列高度同源。因此，可针对Pik基因座开发通用的SNP标记及建立高效、环保的检测体系，促进Pik基因座在商业化育种中的应用。

发明内容

本发明的第一个目的在于，提供一种SNP分子标记。

本发明的第二个目的在于，提供一组引物。

本发明的第三个目的在于，提供一种试剂盒。

本发明的第四个目的在于，提供上述分子标记在辅助鉴定抗稻瘟病基因Pik和/或辅助育种中的应用。

本发明的第五个目的在于，提供上述引物在检测抗稻瘟病基因Pik和/或辅助育种中的应用。

本发明的第六个目的在于，提供上述试剂盒在检测抗稻瘟病基因Pik和/或辅助育种中的应用。

本发明的第七个目的在于，提供一种检测抗稻瘟病基因Pik基因型的方法。

本发明的第八个目的在于，提供上述分子标记或引物或试剂盒在水稻种质资源改良中的应用。

本发明的第九个目的在于，提供上述分子标记或引物或试剂盒在水稻稻瘟病的抗性改良中的应用。

本发明的第十个目的在于，提供上述分子标记或引物或试剂盒在培育具有抗稻瘟病能力水稻中的应用。

本发明所采取的技术方案是：

本发明的第一个方面，提供一种SNP分子标记，所述SNP分子标记的多态性位于第11号染色体第27998933位点处碱基为T/C。

本发明的第二个方面，提供一组引物。

根据本发明的第二个方面，所述引物用于扩增本发明第一个方面所述分子标记，所述引物的序列如下所示：

特异性引物：

Primer X：5’-GCCCACAATATTCATATCAGGT-3’(SEQ ID NO.1)；

Primer Y：5’-CCCACAATATTCATATCAGGC-3’(SEQ ID NO.2)；

通用引物：

Primer C：5’-ACCTTGATTGTAGGCAGCTT-3’(SEQ ID NO.3)。