[发明专利]一种香菇WD5140菌株的InDel标记指纹图谱及其构建方法

说明书

本发明涉及一种香菇WD5140菌种的InDel标记指纹图谱及其构建方法，该指纹图谱由7对基于香菇全基因组测序后开发的InDel标记组成。本发明的香菇WD5140菌种的InDel标记指纹图谱可用于香菇WD5140菌种的特异性鉴定，具有检测时间短、准确性高、可重复性好的优点，在收集的44个香菇菌种中具有香菇WD5140菌种的专一性。

技术领域

本发明属于香菇菌种的检测领域，具体涉及一种香菇WD5140菌种的InDel标记指纹图谱及其构建方法。

背景技术

香菇(Lentinula edodes(Berk.)Pegler)因具有较高的营养价值和药用价值，而备受消费者欢迎。中国是世界上最早进行香菇人工栽培的国家，栽培历史已有800多年，目前香菇是国内栽培最广、产量最高的菇种。据中国食用菌协会统计，2018年中国食用菌总产量为3842.04万吨，其中香菇总产量为1043.12万吨，占国内食用菌总产量的27.15％，占世界香菇总产量的90％以上。近年来香菇产业成为国内精准扶贫的重要抓手，据统计全国超过50％以上的国家级贫困县选择香菇作为重要产业，我国香菇栽培规模进一步扩大，但随着我国香菇产业的快速发展，香菇生产用种“同种异名，异种同名”的问题日益突出，这不仅损害了香菇育种者的知识产权更为生产者造成了极大地风险，为香菇产业进一步发展造成了隐患。为保障育种者的权益和降低生产者的风险，促进我国香菇产业健康、稳定和可持续发展，建立一种简便、快速、可靠的香菇菌种特异性鉴定技术迫在眉睫。

随着生物信息学的快速发展，DNA测序技术的不断成熟，测序的通量在不断增加而成本在降低。DNA分子标记技术能够从基因水平上检测香菇菌种的遗传特异性，香菇全基因组测序的完成为InDel标记的开发提供了便利。InDel分子标记是一种基于高通量测序技术的应用，降低了InDel标记开发的成本，适用于香菇全基因组测序分子标记的开发。且InDel标记具有数量丰富、准确性高、稳定性好、快捷简便等优点，不仅用于分子标记辅助育种，而且也可用于香菇菌株鉴定。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种香菇WD5140菌种的InDel标记指纹图谱及其构建方法与应用，该指纹图谱与常规形态学检测、拮抗试验、出菇试验相比，具有检测时间短，准确性高，重复性好的优点。

本发明的一种香菇WD5140菌种的InDel标记指纹图谱，该指纹图谱由7对InDel标记组成，是基于香菇基因组插入/缺失片段开发的InDel标记引物，扩增带型好，重复性高，标记详细信息如表1。

表1 InDel标记引物信息列表

本发明还提供了一种香菇WD5140菌种的InDel标记指纹图谱的应用，是利用香菇基因组插入/缺失片段开发的7对InDel标记引物，对香菇菌种进行InDel标记扩增，将得到的带型与WD5140菌种的带型对照，与该带型一致即为香菇WD5140菌种；

其中香菇WD5140菌种的带型编号组合为：000100(1+2)。

通过对收集的44个香菇品种的InDel标记引物带型扩增，本发明确定了7对InDel标记引物在44个香菇品种中扩增出的等位片段的数量并编号(表2)，通过不同InDel等位位点的编号组合可有效识别WD5140菌种(图2-8)。通过DNA分子量对照D2000bp DNA ladder可确定各InDel标记引物扩增的等位位点的相对分子量，存在WD5140菌种特异InDel等位片段组合的菌种，即是香菇WD5140菌种，该菌种的编号组合为：000100(1+2)。

表2 InDel引物扩增的等位片段信息汇总表

本发明还提供了上述香菇WD5140菌种的InDel标记指纹图谱的构建方法，该方法包括如下步骤：