[发明专利]一种用于Hi-C的动物组织提取方法

说明书

本发明公开了一种用于Hi‑C的动物组织提取方法，包括下列步骤：1)样本处理，2)组织交联，3)组织裂解及其酶切，4)生物素标记及其连接5)核酸提取，6)片段化及其生物素富集，通过本发明有效提高基因组范围内染色质交互的高通量检测的成功率,通过本发明的使用使分析简单，加快了数据提取，降低了后期分析的难度。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，尤其涉及一种用于Hi-C的动物组织提取方法。

背景技术

自染色质构象形成以来，染色质的空间组织一直是研究的热点，基因与远端元件的长期联系被认为在基因表达调控等基因组活动中发挥着重要作用。染色质相互作用的密集矩阵可用于确定染色质域、染色体和最终整个基因组的空间组织，这一概念在描述染色体构象捕获(chromosome conformation capture，3C)方法中首次出现。

2009年，Job Dekker的研究小组在3C技术的基础上开发出全基因组范围的高通量染色质构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation Capture，Hi-C)，获得了分辨率为1Mb的交互图谱，并构建出核内染色质的三维立体模型。此项技术结合了生物素标记筛选和二代测序技术，主要是通过化学手段固定住蛋白与核酸或蛋白与蛋白之间的接触。随后将DNA片段化，并将相互联系的DNA连接在一起。最终对所有区域间的接触次数进行统计，绘制出交互矩阵，便可估算出三维状态下任意两个区域相隔距离，实现全基因组范围内染色质交互的高通量检测。

发明内容

本发明的提供一种用于Hi-C的动物组织提取方法。

本发明的方案是：

一种用于Hi-C的动物组织提取方法，包括下列步骤：

1)样本处理，取离体新鲜组织进行剔除处理，处理后使用清洗剂清洗，然后将所述组织切成长宽高小于0.5cm的组织样本；

2)组织交联，将步骤1)中的组织样本转移至含有组织交联液的玻璃研磨棒中，进行组织破碎后转移至离心管，室温摇匀，离心，弃上清液，再加入解交联液重悬组织，室温摇匀，离心，弃上清液，进行2～3次预处理，得到沉淀组织；

3)组织裂解及其酶切，沉淀组织转移到1.5ml EP管中，往里加入NEB Buffer2、ddH2O以及1％SDS，轻柔吸打混匀，65℃孵育10min，立即放置于冰上冷却，然后加入10％Triton X-100,轻柔吸打混匀，加入BSA与HindIII，轻柔吸打混匀，37℃孵育过夜；

4)生物素标记以及连接，取步骤3)的样品进行生物素标记以及连接；

5)核酸提取，取步骤4)中生物标记后的样品进行核酸提取；

6)片段化以及生物素富集，将步骤5)提取的DNA溶液进行片段化以及生物素富集处理。

作为优选的技术方案，所述组织包括肝脏组织或肌肉组织其中的一种。

作为优选的技术方案，剔除处理包括剔除结缔组织、脂肪组织、毛发与非研究所需的组织类型。

作为优选的技术方案，所述清洗剂包括预冷PBS或生理盐水其中的一种。

作为优选的技术方案，所述组织切成长宽高均为1mm的组织样本。

作为优选的技术方案，所述步骤2)中所述组织交联液为0.01M PBS、2％甲醛溶液与10mM EDTA的混合溶液，所述交联液为0.01M PBS与2.5M甘氨酸的混合溶液；所述预处理为加入预冷的Buffer-A轻柔重悬，离心，弃上清液。

作为优选的技术方案，所述步骤4)中步骤3)的样品进行生物素标记及其连接步骤如下：