[发明专利]用一代测序评估样本DNA中碱基损伤、错配和变异的方法

权利要求书

1.一种用一代测序评估样本DNA中碱基损伤、错配和变异的方法，其特征在于，包括如下步骤：

S1、加入能够抑制DNA样本中非目标区域的核酸组合物，以及带有可纠错的分子标签库的扩增引物，对DNA样本进行扩增，采用一代测序技术对PCR扩增后的产物进行测序；

其中，抑制DNA样本中非目标区域的核酸组合物根据DNA样本中的采样区域进行设计；

S2、获得S1步骤PCR扩增产物的测序数据，采用基于富集放大作用的评估方法和基于分子标签种类数量的评估方法分别对产物的测序数据进行分析，获得评估样本DNA中碱基损伤、错配和变异的比例值；

S3、在基于富集放大作用的评估方法和基于分子标签种类数量的评估方法结果同时具有可信结果时，采用基于分子标签种类数量的评估方法结果作为评估样本DNA中碱基损伤、错配和变异的比例值。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的基于富集放大作用的评估方法，是通过如下步骤进行分析：

S01、用Efold值代表每个采样区域的富集放大作用，计算公式为：

Efold＝(VRF/VAF)×[(1-VAF)/(1-VRF)]，

其中，VAF是样本中的变异信息的初始比例；VRF是检测结果中样本的变异信息比例；

S02、通过对标准品进行测试，获得每个采样区域的Efold值，并通过PCR扩增产物的测序数据中不同碱基的峰值比例计算VRF值，当VRF满足5％＝VRF＝95％时，通过如下公式计算VAF值：

VAF＝VRF/(Efold-Efold×VRF+VRF)，

当VRF不满足5％＝VRF＝95％时，基于富集放大作用的评估方法结果不可信。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的基于分子标签种类数量的评估方法，是通过如下步骤进行分析：

S001、基于PCR扩增产物的测序数据和已知分子标签序列的DNA序列识别方法，所述DNA序列识别方法输出一个分子标签序列的种类数量UMInum；

S002、当UMInum＝10时，碱基损伤、错配和变异的比例Pdm％计算公式如下：

Pdm％＝UMInum/(Ng×1000×2/6.67)×100％，

其中Ng＝反应中投入的以ng为单位的DNA的质量；

当UMInum10时，基于分子标签种类数量的评估方法结果不可信。