[发明专利]一种基于宏基因组学的呼吸道咽拭子样本的建库方法和病原检测方法有效
申请号: | 202011606303.X | 申请日: | 2020-12-30 |
公开(公告)号: | CN112646859B | 公开(公告)日: | 2022-04-26 |
发明(设计)人: | 李鹏;宋宏彬;林彦锋;王凯英;李瑾慧;杨朗;李沛翰;贾雷立 | 申请(专利权)人: | 中国人民解放军疾病预防控制中心 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12N15/10;C12Q1/6869;C12Q1/689;C12Q1/70;C40B40/06;C40B50/06 |
代理公司: | 北京超凡宏宇专利代理事务所(特殊普通合伙) 11463 | 代理人: | 王焕 |
地址: | 100000 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 宏基 呼吸道 咽拭子 样本 方法 病原 检测 | ||
1.一种基于宏基因组学的呼吸道咽拭子样本的建库方法,其特征在于,包括:
(a)待测样本溶液预处理:加入溶菌酶进行消化;
(b)样本总核酸的提取,在提取的过程中不添加carrier RNA;
(c)cDNA合成:采用随机引物进行反转录;
(d)使用磁珠对步骤(c)合成的产物进行纯化;
(e)样本DNA文库的构建;
在步骤(b)中,在核酸洗脱过程中,使用40 μl以下体积的洗脱液进行核酸洗脱获得所提取的总核酸;在步骤(c)中,提取的总核酸与添加的随机引物的体积比为25:3。
2.根据权利要求1所述的建库方法,其特征在于,在步骤(a)中,所述溶菌酶的加入量为所述待测样本溶液体积的1/50,所述溶菌酶的浓度为50 mg/mL。
3.根据权利要求1或2所述的建库方法,其特征在于,在步骤(a)中,加入溶菌酶后,充分混匀,于37℃孵育15 min。
4.根据权利要求1所述的建库方法,其特征在于,所述步骤(b)中,样本总核酸的提取采用QIAGEN公司的QIAamp MinElute Virus Spin Kit试剂盒进行;所述洗脱液为BufferAVE。
5.根据权利要求1或4所述的建库方法,其特征在于,所述步骤(e)中,采用MGIEasy酶切DNA文库制备试剂套装进行样本DNA文库构建。
6.一种基于宏基因组学的非疾病诊断用途的呼吸道咽拭子样本病原的检测方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
(1)权利要求1-5中任一项所述的建库方法;
(2)进行高通量测序以及对测序结果进行生物信息学分析。
7.根据权利要求6所述的检测方法,其特征在于,所述高通量测序在BGISEQ-500测序仪上进行;使用Centrifuge软件对BGISEQ-500测序数据进行宏基因组比对分析,比对结果使用Pavian进行可视化分析。
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