[发明专利]一种双重可视化单核苷酸多态性检测方法及其应用

说明书

本发明公开了一种双重可视化单核苷酸多态性检测方法及其应用。本发明中的双重可视化SNP检测方法通过双激活交叉扩增检测待测样品来判断待测样品中是否含有SNP，所述方法通过可视化效果显示结果。该方法特异性强，灵敏度高，可以通过颜色和荧光产物实现对SNP的可视化双重验证，结果可通过观察直接得到，无需电泳或其他仪器辅助，基于该方法可高效准确的检测鸡白痢沙门菌，检出限可达到1500个拷贝/μL。

技术领域

本发明属于基因检测领域，具体涉及一种双重可视化单核苷酸多态性检测方法及其应用。

背景技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是在基因组水平上由单个核苷酸的突变所引起的DNA序列多态性，即DNA序列中单个碱基的差别。在自然界中，SNP广泛存在，对于SNP的检测分析在药物研制、临床检验和肿瘤诊断等方面具有重要意义。

目前主流的SNP检测技术包括高通量测序技术、毛细管电泳技术、流式荧光杂交、变性高效液相色谱检测、等位基因特异寡核苷酸片段分析、PCR-焦磷酸测序技术、ARMS-PCR技术和HRM技术等，这些方法在SNP检测中或流程长耗时久，或不便捷，或特异性差，或成本高，或易于造成气溶胶污染。

鸡白痢病(Pullorum Disease)是由鸡白痢沙门菌(Salmonella Pullorum)引起的急性、系统性疾病，主要危害1周龄以内的雏鸡，感染鸡白痢沙门菌的雏鸡死亡率高，而成年鸡不会出现明显病变，仅会使母鸡产蛋量下降。鸡白痢病能垂直传播，影响鸡肉产品的产量和质量，造成养殖场的重大损失。

实现对鸡白痢沙门菌的早期快速检测是该病防控和净化的基础。在临床上，鸡白痢病与由鸡伤寒沙门菌造成的禽伤寒病、肠炎沙门菌造成的鸡肠炎病往往具有相似的症状，仅从病理症状上很难分辨。传统的分离鉴定方法流程冗长，如生化试验或玻片凝集试验等容易发生非特异性反应而且缺乏敏感性。由于鸡白痢沙门菌、鸡伤寒沙门菌和肠炎沙门菌根据White-Kauffmann-Le Minor分型法则都属于D血清群，在抗原表达式上非常接近，具有交叉表达式，纯粹依据血清学也无法区分。目前，存在基于聚合酶链式反应(PCR)的鸡白痢沙门菌检测方法，但这些方法或特异性不佳，无法区分鸡白痢沙门菌和鸡伤寒沙门菌，或操作复杂耗时长，或需要开盖并进行琼脂糖凝胶电泳，从而容易造成气溶胶污染，或需要专业的人员和昂贵的仪器，无法适用于现行的禽场净化鸡白痢的大环境。

因此，基于上述问题，开发一种方便快速、敏感特异的鸡白痢沙门菌可视化快速SNP检测方法将具有重要的实用意义和研究价值。

发明内容

本发明的目的在于提供引物组；

本发明的另一目的在于提供探针；

本发明的另一目的在于提供一种SNP检测方法；

本发明的另一目的在于提供上述引物组或上述探针在检测鸡白痢沙门菌中的应用；

本发明的另一目的在于提供上述SNP检测方法在鸡白痢沙门菌SNP位点筛查中的应用。

本发明所采取的技术方案是：

本发明的第一个方面，提供：

引物组，该引物组靶向鸡白痢沙门菌rfbS基因第237位点。

进一步地，上述引物组的序列为：

引物7a：5’-GGAAGAGGAACAATGAAGCTACCA-3’(SEQ ID NO.1)；

引物6a：5’-CACGACAGAAAATAATTGGATCG-3’(SEQ ID NO.2)；

引物5a：5’-ACTATTGCTTGCTATGGAAGAC-3’(SEQ ID NO.3)；