[发明专利]一种与大豆农艺性状相关的SNP位点组合、液相基因芯片及应用

权利要求书

1.一种与大豆农艺性状相关的SNP位点组合在分子辅助育种或全基因组育种中的应用，其特征在于，所述分子辅助育种或全基因组育种基于大豆农艺性状进行育种，所述大豆农艺性状指株高、百粒重、底荚高度、脂肪含量、蛋白含量、单株粒数、单株荚数、主茎节数、单株粒重和分枝数；

所述与大豆农艺性状相关的SNP位点组合由以下223个SNP位点组成，每个SNP位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化，所述223个SNP位点的物理位置是基于大豆品种Williams82的全基因组序列比对确定的，所述大豆品种Williams82的全基因组序列的版本号为Glycine max Wm82.a2.v1，所述223个SNP位点的变异信息如下：

Chr01_01533882 A/G；Chr01_04026903 G/A；Chr01_04050717 A/T；Chr01_04092615G/A；Chr01_39860894 C/T；Chr01_49903973 A/G；Chr01_50602779 A/C；Chr01_50653236T/G；Chr01_51315364 A/G；Chr01_53509482 G/A；Chr01_54065323 C/T；Chr01_55547694T/A；Chr02_05225452 C/T；Chr02_06300927 C/T；Chr02_38935935 A/G；Chr02_43559616G/A；Chr02_44953925 G/C；Chr02_45012265 C/T；Chr02_45106877 G/A；Chr02_45225277A/T；Chr02_45460408 A/G；Chr03_00155260 C/T；Chr03_00333082 G/C；Chr03_00558044C/G；Chr03_01404553 G/A；Chr03_18107159 G/A；Chr03_25891807 T/G；Chr03_36421392A/G；Chr03_36426626 T/C；Chr03_36451021 G/A；Chr03_36504983 C/A；Chr03_36789422G/C；Chr03_37027494 C/A；Chr03_37706557 T/A；Chr03_38305381 G/A；Chr04_01886636G/A；Chr04_03350250 C/A；Chr04_08569889 T/A；Chr04_16473219 A/G；Chr04_45658472T/G；Chr04_46878018 G/A；Chr04_50850178 G/A；Chr04_51554352 C/A；Chr04_51579450G/A；Chr05_05558466 C/T；Chr05_05575650 A/G；Chr05_05613716 T/C；Chr05_18929941T/C；Chr05_22058564 A/G；Chr05_32075424 C/T；Chr05_33844667 A/G；Chr05_34000026G/A；Chr05_34977447 C/T；Chr05_36371924 C/T；Chr05_39604331 C/T；Chr05_39788521C/T；Chr05_40075652 T/C；Chr05_42019019 G/T；Chr06_01756279 A/C；Chr06_02636926T/C；Chr06_03286909 C/T；Chr06_04134589 A/T；Chr06_04351486 G/A；Chr06_10505562T/A；Chr06_13105258 A/T；Chr06_13432800 C/A；Chr06_13481784 T/G；Chr06_15231313G/T；Chr06_15968336 A/C；Chr06_17382650 T/C；Chr06_17582094 G/A；Chr06_17602402T/C；Chr06_17626369 T/A；Chr06_19781007 C/T；Chr06_27625128 A/G；Chr06_28928355G/T；Chr06_42252843 C/T；Chr06_48428377 C/T；Chr06_50163774 G/A；Chr06_50975144T/G；Chr07_01952143 T/C；Chr07_05575080 C/T；Chr07_05825087 T/C；Chr07_15480093T/C；Chr07_19025998 C/T；Chr07_42689775 C/T；Chr07_42700692 G/T；Chr07_42732051A/G；Chr07_42782332 A/T；Chr07_42836543 T/A；Chr08_00776002 C/T；Chr08_01028572C/A；Chr08_07805605 A/C；Chr08_09185800 C/G；Chr08_22078860 G/A；Chr09_00458254G/A；Chr09_00475009 G/A；Chr09_00500375 T/C；Chr09_04283906 A/C；Chr09_06653411T/A；Chr09_35879535 G/A；Chr09_38843968 T/A；Chr09_40052962 A/T；Chr09_41676859G/A；Chr09_45975341 C/A；Chr09_46200899 C/A；Chr09_46308505 G/A；Chr09_46478149T/A；Chr09_46836433 A/G；Chr10_02750802 G/C；Chr10_02870996 G/T；Chr10_02887410A/T；Chr10_02927284 T/A；Chr10_31900041 T/C；Chr10_45082937 A/G；Chr10_45127748T/C；Chr10_45175769 G/A；Chr10_48926597 G/A；Chr10_49256007 A/G；Chr10_49302884T/C；Chr10_49343783 C/T；Chr11_02104739 T/C；Chr11_02167163 T/G；Chr11_02630521T/G；Chr11_04153990 C/T；Chr11_04306322 T/C；Chr11_09896347 G/T；Chr11_32376132G/A；Chr11_32506058 C/T；Chr11_32929777 C/T；Chr11_33857564 G/A；Chr12_03951770G/A；Chr12_08916858 T/C；Chr12_35265460 G/A；Chr12_35289582 G/T；Chr12_35578344A/G；Chr12_36595459 C/A；Chr12_36704530 G/C；Chr12_36736475 G/A；Chr12_36765947T/G；Chr13_16484275 T/C；Chr13_18615062 A/C；Chr13_19460489 T/C；Chr13_21768219C/G；Chr13_29215285 G/T；Chr13_29550344 G/A；Chr13_30388748 A/G；Chr13_41775097G/A；Chr13_42028098 A/C；Chr13_42050209 T/A；Chr13_42150995 C/T；Chr13_42216053C/T；Chr13_42383660 C/A；Chr13_42410927 A/G；Chr13_44483438 A/G；Chr13_45066236G/T；Chr13_45794372 C/T；Chr14_02226559 C/T；Chr14_04785275 A/C；Chr14_04978437A/G；Chr14_09234257 T/C；Chr14_45860975 A/T；Chr14_46525690 A/G；Chr14_46614414A/G；Chr14_47779860 A/T；Chr14_48354923 C/T；Chr15_00207098 A/G；Chr15_00282154T/C；Chr15_00474286 T/C；Chr15_03989240 G/C；Chr15_06834700 G/T；Chr15_08981420C/T；Chr15_09077137 C/G；Chr15_09108212 G/A；Chr15_09138650 T/C；Chr15_09176525G/A；Chr15_09325304 C/T；Chr15_09632956 A/G；Chr15_09950434 A/G；Chr15_10109864T/G；Chr15_10128698 T/G；Chr15_10605120 G/A；Chr15_15854711 A/T；Chr15_49558739A/C；Chr15_50357591 A/G；Chr15_50377398 T/C；Chr15_50532317 A/G；Chr16_04075059A/T；Chr16_06026215 A/C；Chr16_18681277 C/T；Chr16_32911332 G/C；Chr17_08312752G/A；Chr17_12475327 A/G；Chr17_38307270 A/G；Chr17_38350306 T/G；Chr17_39257059C/A；Chr18_00453852 T/C；Chr18_01331239 T/A；Chr18_05957508 T/C；Chr18_06825701A/T；Chr18_08671202 A/G；Chr18_09165638 C/A；Chr18_48017092 T/C；Chr18_48056177T/C；Chr18_48125071 G/A；Chr18_48153620 C/T；Chr18_50326879 G/A；Chr18_50526685G/A；Chr18_50554508 T/C；Chr18_51200487 C/A；Chr18_54703004 C/G；Chr18_55727744C/T；Chr18_55800924 A/G；Chr18_56182068 G/C；Chr19_00005221 C/T；Chr19_34475899A/G；Chr19_34574726 C/T；Chr19_34843169 C/T；Chr19_36797568 G/A；Chr20_08076579A/G；Chr20_39493065 T/A；Chr20_39531946 A/C；Chr20_39680045 G/A；

与蛋白含量相关的25个SNP位点及其优势等位基因如下：

Chr01_49903973_A；Chr01_54065323_T；Chr02_6300927_C；Chr03_18107159_G；Chr04_3350250_A；Chr04_8569889_T；Chr05_18929941_T；Chr05_22058564_G；Chr06_17382650_T；Chr06_17582094_G；Chr06_17602402_T；Chr06_17626369_T；Chr06_27625128_G；Chr06_28928355_T；Chr06_42252843_T；Chr09_40052962_A；Chr09_6653411_A；Chr10_31900041_C；Chr14_48354923_C；Chr14_4978437_G；Chr16_4075059_A；Chr18_55727744_C；Chr18_55800924_G；Chr19_34843169_C；Chr19_5221_C；

与单株荚数相关的25个SNP位点及其优势等位基因如下：

Chr01_39860894_T；Chr01_4026903_G；Chr01_4092615_G；Chr02_43559616_G；Chr03_38305381_A；Chr04_16473219_G；Chr04_45658472_G；Chr06_3286909_T；Chr06_50975144_G；Chr07_19025998_T；Chr08_776002_T；Chr09_38843968_T；Chr11_32929777_C；Chr12_36704530_C；Chr12_36736475_A；Chr14_4785275_A；Chr15_207098_A；Chr15_282154_T；Chr15_474286_T；Chr16_18681277_C；Chr17_8312752_A；Chr18_50326879_G；Chr18_50526685_G；Chr18_50554508_T；Chr18_5957508_T；

与株高相关的25个SNP位点及其优势等位基因如下：

Chr01_55547694_A；Chr03_155260_C；Chr03_558044_C；Chr04_50850178_G；Chr05_34977447_C；Chr05_40075652_T；Chr06_15231313_G；Chr06_15968336_A；Chr10_2750802_G；Chr10_2870996_G；Chr10_2887410_A；Chr10_2927284_T；Chr10_45082937_A；Chr10_45127748_C；Chr10_48926597_A；Chr10_49256007_G；Chr10_49302884_C；Chr11_4153990_C；Chr11_4306322_T；Chr13_29215285_T；Chr13_29550344_A；Chr13_44483438_A；Chr14_46525690_G；Chr14_9234257_T；Chr18_56182068_G；

与脂肪含量相关的25个SNP位点及其优势等位基因如下：

Chr01_1533882_A；Chr02_5225452_T；Chr02_6300927_T；Chr03_25891807_T；Chr03_36421392_A；Chr03_36426626_T；Chr03_36451021_G；Chr03_36504983_C；Chr03_36789422_G；Chr03_37706557_T；Chr04_8569889_A；Chr06_19781007_T；Chr06_4351486_A；Chr07_1952143_T；Chr09_41676859_A；Chr09_4283906_C；Chr11_2630521_G；Chr13_19460489_C；Chr13_30388748_G；Chr14_48354923_T；Chr14_4978437_A；Chr18_51200487_A；Chr18_55727744_T；Chr18_8671202_A；Chr19_34843169_T；

与主茎节数相关的25个SNP位点及其优势等位基因如下：

Chr01_50602779_C；Chr05_39604331_C；Chr05_39788521_C；Chr05_40075652_T；Chr06_13105258_A；Chr06_1756279_A；Chr06_2636926_C；Chr08_22078860_G；Chr10_2927284_T；Chr11_9896347_G；Chr14_45860975_T；Chr14_46525690_G；Chr14_46614414_G；Chr14_47779860_T；Chr15_282154_T；Chr15_49558739_C；Chr15_50357591_G；Chr15_50377398_C；Chr15_50532317_A；Chr16_32911332_G；Chr17_39257059_C；Chr18_6825701_A；Chr18_9165638_C；Chr19_34475899_A；Chr19_34574726_C；

与百粒重相关的25个SNP位点及其优势等位基因如下：

Chr01_51315364_A；Chr01_53509482_G；Chr03_1404553_A；Chr03_333082_G；Chr03_37027494_A；Chr05_42019019_T；Chr05_5558466_C；Chr05_5575650_A；Chr07_42689775_T；Chr07_42700692_T；Chr07_42732051_G；Chr07_42782332_T；Chr07_42836543_A；Chr12_35265460_G；Chr12_35289582_G；Chr12_35578344_A；Chr12_8916858_T；Chr15_15854711_T；Chr17_38307270_A；Chr17_38350306_T；Chr18_453852_C；Chr18_48056177_C；Chr18_48125071_A；Chr18_48153620_T；Chr18_54703004_C；

与单株粒重相关的25个SNP位点及其优势等位基因如下：

Chr01_4026903_G；Chr04_45658472_G；Chr04_51554352_C；Chr04_51579450_G；Chr06_13432800_C；Chr06_13481784_T；Chr06_4134589_A；Chr06_48428377_C；Chr09_45975341_C；Chr09_46478149_T；Chr09_46836433_A；Chr11_32376132_G；Chr12_36704530_C；Chr13_16484275_C；Chr13_41775097_A；Chr13_42050209_A；Chr13_42383660_A；Chr13_42410927_G；Chr15_3989240_G；Chr16_6026215_A；Chr17_12475327_G；Chr18_1331239_T；Chr18_50326879_G；Chr18_50526685_G；Chr18_5957508_T；

与单株粒数相关的25个SNP位点及其优势等位基因如下：

Chr01_4026903_G；Chr01_4050717_A；Chr04_46878018_G；Chr06_10505562_A；Chr06_50163774_G；Chr07_5575080_C；Chr07_5825087_T；Chr08_1028572_A；Chr09_35879535_G；Chr09_46200899_C；Chr09_46308505_A；Chr12_36595459_C；Chr12_36765947_G；Chr13_21768219_G；Chr13_41775097_A；Chr13_42028098_C；Chr13_42150995_T；Chr13_42216053_T；Chr13_42383660_A；Chr13_42410927_G；Chr15_282154_T；Chr15_3989240_G；Chr18_48017092_T；Chr18_50326879_G；Chr18_5957508_T；

与分枝数相关的25个SNP位点及其优势等位基因如下：

Chr01_50653236_G；Chr05_32075424_T；Chr05_33844667_G；Chr05_34000026_A；Chr05_36371924_T；Chr09_458254_G；Chr09_475009_G；Chr09_500375_T；Chr12_3951770_A；Chr13_18615062_C；Chr13_45066236_T；Chr15_10109864_T；Chr15_10128698_T；Chr15_10605120_G；Chr15_8981420_T；Chr15_9077137_C；Chr15_9108212_A；Chr15_9138650_C；Chr15_9176525_A；Chr15_9325304_T；Chr15_9632956_A；Chr15_9950434_A；Chr20_39493065_T；Chr20_39531946_A；Chr20_39680045_G；

与底荚高度相关的25个SNP位点及其优势等位基因如下：

Chr02_38935935_A；Chr02_44953925_C；Chr02_45012265_T；Chr02_45106877_A；Chr02_45225277_T；Chr02_45460408_G；Chr04_1886636_G；Chr04_51554352_A；Chr05_5613716_C；Chr07_15480093_T；Chr08_7805605_A；Chr08_9185800_G；Chr10_45082937_A；Chr10_45127748_C；Chr10_45175769_A；Chr10_49343783_T；Chr11_2104739_T；Chr11_2167163_T；Chr11_32506058_T；Chr11_33857564_A；Chr13_45794372_T；Chr14_2226559_T；Chr15_6834700_T；Chr19_36797568_A；Chr20_8076579_A。