[发明专利]一种与大豆农艺性状相关的SNP位点组合、液相基因芯片及应用

说明书

本发明涉及一种与大豆农艺性状相关的SNP位点组合、液相基因芯片及应用,与大豆农艺性状相关的SNP位点组合，包括223个SNP位点，每个SNP位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化，所述223个SNP位点的物理位置是基于大豆品种Williams82的全基因组序列比对确定的，所述大豆品种Williams82的全基因组序列的版本号为Glycine max Wm82.a2.v1。本发明所采用的223个SNP位点与大豆的重要农艺性状相关，可通过测定大豆植株DNA中这223个SNP位点的基因型来评估大豆植株的农艺性状，将其应用于大豆的分子辅助育种或全基因组育种时，加快了育种进程。

技术领域

本发明属于分子植物育种领域，具体涉及一种与大豆农艺性状相关的SNP位点组合、液相基因芯片及应用。

背景技术

SNP标记的开发是以DNA测序为基础的，自从2005年454测序仪问世以来的十多年时间，二代测序技术不断完善，基因组测序效率得到极大提高，测序成本也大幅度下降，大量物种的全基因组序列完成，极大地推进了功能基因组研究的进展。

大豆作为全球最重要的经济作物，同时也是全球最重要的粮食作物，目前在大豆的遗传育种过程中，仍旧采用的是传统的表型性状评估方法，其需要对种子进行种植后，通过观察其株高、测定蛋白含量等方式来获得其性状指标，周期较长，而随着SNP标记技术的快速发展，对不同的品种进行重测序，利用重测序发现的SNP标记，利用全基因组关联分析(Genome-wide Association Mapping,GWAS)对重要农艺性状进行关联分析，确定重要农艺性状相关的候选基因位点，建立起一套高效快速、成熟稳定、成本低、通量高的基因型鉴定方法，是分子生物学研究人员优先考虑的方向。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术的缺陷，提供一种与大豆农艺性状相关的SNP位点组合、基因芯片及应用。

为了实现上述目的，本发明采取的技术方案如下：

一种与大豆农艺性状相关的SNP位点组合，其特征在于，包括223个SNP位点，每个SNP位点包含两个不同碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化，所述223个SNP位点的物理位置是基于大豆品种Williams82的全基因组序列比对确定的，所述大豆品种Williams82的全基因组序列的版本号为Glycine max Wm82.a2.v1，所述大豆品种Williams82的全基因组序列的获取网址为：https://phytozome.jgi.doe.gov.；所述SNP位点的变异信息采用染色体编号_物理位置参考基因型/等位基因型的形式进行表示，所述223个SNP位点的变异信息如下：