[发明专利]用于甲基化核酸的高深度测序的方法和系统

权利要求书

1.一种对生物样品的核酸分子进行甲基化测序的方法，包括：

a)将包含唯一分子标识符的核酸衔接子连接到所述核酸分子，其中所述核酸分子包含未转化的核酸；

b)利用破坏性最小的转化方法将所述核酸分子中未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶，由此产生转化的核酸；

c)通过聚合酶链反应对所述转化的核酸进行扩增，由此产生扩增的转化的核酸；

d)用核酸探针探查所述扩增的转化的核酸，所述核酸探针与CpG或CH基因座的预鉴定的组合互补以富集与所述组合对应的序列，由此产生探查的转化的核酸；

e)以100x的深度确定所述探查的转化的核酸的核酸序列；和

f)将所述探查的转化的核酸的所述核酸序列与CpG或CH基因座的所述预鉴定的组合的参考核酸序列进行比较，以确定所述生物样品的所述核酸分子的甲基化图谱。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸分子是血浆cfDNA。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述破坏性最小的转化方法包括酶法转化、TAPS或CAPS。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述唯一分子标识符的长度为4bp至6bp并且具有5'胸苷突出端。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述核酸衔接子还包含唯一双重索引(UDI)序列。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述UDI序列的长度为4bp、5bp、6bp、7bp、8bp、9bp、10bp、11bp或12bp。

7.根据权利要求1所述的方法，其中扩增所述转化的核酸包括使用引物，所述引物包含唯一双重索引(UDI)序列。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸衔接子是耐转化的衔接子，所述耐转化的衔接子包含鸟嘌呤、胸腺嘧啶、腺嘌呤和胞嘧啶碱基，并且不包含含有5mC的碱基和含有5hmC的碱基。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸探针是未甲基化的核酸探针。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸探针杂交至关注的靶区域，所述关注的靶区域是与所述参考核酸序列中的CpG位点处未甲基化的胞嘧啶一致的。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸探针包含关注的靶区域，所述关注的靶区域是与所述参考核酸序列中的CpG位点处甲基化的胞嘧啶一致的。

12.根据权利要求1所述的方法，其中所述核酸探针是化学或酶法改变的甲基化的或未甲基化的核酸探针的混合物。

13.根据权利要求1所述的方法，其中所述探查的转化的核酸的CG背景中的一个或多个胞嘧啶被转化成胸腺嘧啶，并且所述探查的转化的核酸的CH背景中的所有胞嘧啶都被转化成胸腺嘧啶。

14.根据权利要求1所述的方法，其中所述未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶包括相继的TET/APOBEC酶法转化。

15.根据权利要求1所述的方法，其中所述未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶包括TAPS。