[发明专利]杂合体靶向和全转录物组扩增

权利要求书

1.一种对核酸靶进行标记的方法，所述方法包括：

(a)使多于一种核酸靶与多于一种寡核苷酸杂交，每种所述寡核苷酸包含第一通用序列和条形码序列；

(b)使与所述多于一种核酸靶杂交的所述多于一种寡核苷酸延伸以产生多于一种第一链条形码化多核苷酸；

(c)使用所述多于一种第一链条形码化多核苷酸作为模板合成多于一种第二链条形码化多核苷酸，以产生多于一种双链条形码化多核苷酸；

(d)将衔接子的序列添加到所述多于一种双链条形码化多核苷酸中，其中所述衔接子包含第二通用序列；和

(e)扩增所述多于一种双链条形码化多核苷酸：

(e1)使用能够与所述第一通用序列和所述第二通用序列杂交的引物扩增所述多于一种双链条形码化多核苷酸，从而产生包含所述核酸靶、所述第一通用序列、所述第二通用序列、其互补序列和/或其一部分的序列的第一多于一种条形码化扩增子，和

(e2)使用能够与所述多于一种核酸靶中的两种或更多种杂交的引物扩增所述多于一种双链条形码化多核苷酸，从而产生包含所述多于一种核酸靶中的两种或更多种、所述第一通用序列、所述第二通用序列、其互补序列和/或其一部分的序列的第二多于一种条形码化扩增子。

2.根据权利要求1所述的方法，所述方法包括(f1)使用靶特异性引物和所述第一多于一种条形码化扩增子和/或所述第二多于一种条形码化扩增子或其产物作为模板进行延伸和/或扩增。

3.根据权利要求2所述的方法，其中(f1)进行延伸和/或扩增包括将测序引物和/或测序衔接子、其互补序列和/或其部分的结合位点的序列添加到所述第一多于一种条形码化扩增子和/或所述第二多于一种条形码化扩增子中。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，所述方法包括(f2)使用随机引物和所述第一多于一种条形码化扩增子和/或所述第二多于一种条形码化扩增子或其产物作为模板进行随机引发和延伸和/或扩增。

5.根据权利要求4所述的方法，其中(f2)进行随机引发和延伸和/或扩增包括将测序引物和/或测序衔接子、其互补序列和/或其部分的结合位点的序列添加到所述第一多于一种条形码化扩增子和所述第二多于一种条形码化扩增子或其产物中。

6.根据权利要求3-5中任一项所述的方法，其中所述测序衔接子包括P5序列、P7序列、其互补序列或其一部分。

7.根据权利要求3-6中任一项所述的方法，其中所述测序引物包括读段1测序引物、读段2测序引物、其互补序列或其一部分。

8.一种对核酸靶进行标记的方法，所述方法包括：

(a)使多于一种核酸靶与多于一种寡核苷酸杂交，每种所述寡核苷酸包含第一通用序列和条形码序列；

(b)使与所述多于一种核酸靶杂交的所述多于一种寡核苷酸延伸以产生多于一种第一链条形码化多核苷酸；

(c)使用所述多于一种第一链条形码化多核苷酸作为模板合成多于一种第二链条形码化多核苷酸，以产生多于一种双链条形码化多核苷酸；

(d)将衔接子的序列添加到所述多于一种双链条形码化多核苷酸中，其中所述衔接子包含第二通用序列；

(e1)使用能够与所述第一通用序列和所述第二通用序列杂交的引物扩增所述多于一种双链条形码化多核苷酸，从而产生包含所述核酸靶、所述第一通用序列、所述第二通用序列、其互补序列和/或其一部分的序列的第一多于一种条形码化扩增子；

(f1)使用靶特异性引物和所述第一多于一种条形码化扩增子或其产物作为模板进行延伸和/或扩增。

9.根据权利要求8所述的方法，所述方法包括(f2)使用随机引物和所述第一多于一种条形码化扩增子或其产物作为模板进行随机引发和延伸和/或扩增。

10.根据权利要求9所述的方法，其中(f2)进行随机引发和延伸和/或扩增包括将测序衔接子的序列添加到所述第一多于一种条形码化扩增子或其产物。