[发明专利]用于检测血浆中DNA病原体的DNA测序文库的制备

权利要求书

1.一种样本制备方法，包括：

获得宿主生物样本；

从所述宿主生物样本中去除完整细胞；

从所述宿主生物样本中去除小于1000个碱基对(bp)的核酸分子以获得脱宿主的样本。

2.一种使从宿主生物获得的样本脱宿主的方法，所述方法包括：

从所述宿主生物样本中去除完整细胞；

从所述宿主生物样本中去除小于1000个碱基对(bp)的核苷酸分子以获得脱宿主的样本。

3.根据权利要求1或2所述的方法，还包括对所述脱宿主的样本中剩余的核酸分子进行测序。

4.根据权利要求1或2所述的方法，还包括由所述脱宿主的样本中剩余的核酸分子制备测序文库。

5.根据权利要求4所述的方法，还包括对所述测序文库的核苷酸序列进行测序。

6.根据权利要求3或5所述的方法，还包括鉴定所述经测序的序列内的病原体序列。

7.一种鉴定从宿主生物获得的样本中的病原体核苷酸序列的方法，所述方法包括：

从所述宿主生物样本中去除完整细胞；

从所述宿主生物样本中去除小于1000个碱基对(bp)的核苷酸分子以获得脱宿主的样本；

由所述脱宿主的样本中剩余的核酸分子制备测序文库；

对所述测序文库的核苷酸序列进行测序；以及

鉴定所述经测序的序列内的病原体序列。

8.根据权利要求4或7所述的方法，其中所述测序文库是通过基于转座子的文库制备方法制备的。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述基于转座子的文库制备方法包括NEXTERA转座子或基于NEXTERA珠粒的转座子。

10.根据权利要求3、5、或7至9中任一项所述的方法，其中测序是通过高通量测序进行的。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，包括从所述宿主生物样本中去除小于600bp的核酸分子以获得所述脱宿主的样本。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中从所述宿主生物样本中去除完整细胞包括离心。

13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中从所述宿主生物样本中去除完整细胞包括将无细胞的核酸结合至官能化可控孔度玻璃(CPG)珠粒。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述官能化可控孔度玻璃(CPG)珠粒是用N-乙烯基吡咯烷酮(70％)和N-甲基-N'-乙烯基氯化咪唑鎓(30％)的共聚物官能化的。

15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中从所述宿主生物样本中去除小于1000bp的核苷酸分子包括在有利于捕获1000bp或更大的核苷酸分子的条件下的固相可逆固定(SPRI)珠粒。

16.根据权利要求6至15中任一项所述的方法，其中所述病原体序列包括病毒、细菌、真菌和/或寄生序列。

17.根据权利要求6至16中任一项所述的方法，其中所述病原体序列包括具有DNA基因组的病原体。

18.根据权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述宿主生物样本包括血液。

19.根据权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述宿主生物样本包括血浆。