[发明专利]在流通池中的固定

说明书

在一个示例中，使用第一流体和第二流体将靶材料固定在流通池的两个相对的测序表面上。该第一流体的密度小于靶材料密度，并且该第二流体的密度大于该靶材料密度；或者该第二流体的密度小于该靶材料密度，并且该第一流体的密度大于该靶材料密度。将该第一流体(包含该靶材料)引入该流通池中，由此该靶材料中的至少一些靶材料通过该测序表面中的一个测序表面上的捕获位点固定。移除该第一流体和未固定的靶材料。将该第二流体(包含该靶材料)引入该流通池中，由此该靶材料中的至少一些靶材料通过该测序表面中的另一个测序表面上的捕获位点固定。

相关申请的交叉引用

本申请要求2019年12月11日提交的美国临时申请序列号62/946,717的权益，该临时申请的内容全文以引用方式并入本文。

背景技术

流通池用于多种方法和应用，诸如基因测序、基因分型等。在一些方法和应用中，希望由双链DNA(dsDNA)靶分子生成片段化和带标签的DNA分子的文库。通常，目的是由较大dsDNA分子生成较小DNA分子(例如，DNA片段)以用作DNA测序反应中的模板。这些模板可使得能够获得短读取长度。在数据分析过程中，可以将重叠短序列读段进行比对，以重建较长的核酸序列。在一些情况下，可以使用预测序步骤(诸如对特定核酸分子进行条形码编码)来简化数据分析。

发明内容

本文所述的一些示例性试剂盒和方法适于将一种或多种靶材料固定在流通池的相对表面上。该方法的一些示例实现顺序固定，并且该方法的其他示例实现同时固定。

本文所公开的第一方面是一种方法，该方法包括将靶材料固定在流通池的两个相对的测序表面中的每个测序表面处，其中该固定涉及：将其中包含靶材料的第一部分的第一流体引入流通池中，由此靶材料中的至少一些靶材料被两个相对的测序表面中的一个测序表面上的捕获位点固定；从所述流通池中移除所述第一流体和任何未固定的靶材料；以及将其中包含靶材料的第二部分的第二流体引入流通池中，由此靶材料中的至少一些靶材料被两个相对的测序表面中的另一个测序表面上的捕获位点固定；其中二者择一：第一流体的密度小于靶材料的密度，并且第二流体的密度大于靶材料的密度；或者第二流体的密度小于靶材料的密度，并且第一流体的密度大于靶材料的密度。

本文所公开的第二方面是一种试剂盒，该试剂盒包括：其中包含靶材料的制备流体；第一引入流体，所述第一引入流体的密度小于所述靶材料的密度；和第二引入流体，该第二引入流体的密度大于靶材料的密度。

本文所公开的第三方面是一种方法，该方法包括通过以下方式将靶材料固定在流通池的两个相对的测序表面中的每个测序表面处：将包含靶材料的流体引入流通池中，其中该靶材料包括：磁性固体支持物；和附接到该磁性固体支持物的测序就绪核酸片段或模板链；并且该流体的密度至少大致等于该磁性固体支持物的密度；允许所述靶材料中的一些靶材料被所述两个相对的测序表面中的一个测序表面上的捕获位点固定；以及向两个相对的测序表面中的另一个测序表面施加磁力，从而将靶材料中的另一些靶材料拉到两个相对的测序表面中的另一个测序表面，在那里它们被两个相对的测序表面中的另一个测序表面上的捕获位点固定。

本文所公开的第四方面是一种方法，该方法包括通过以下方式同时将第一靶材料固定在流通池的两个相对的测序表面中的第一测序表面处和将第二靶材料固定在两个相对的测序表面中的第二测序表面处：将包含第一靶材料和第二靶材料的靶流体引入流通池中，其中：靶流体的载流体具有流体密度；所述第一靶材料的第一密度小于所述流体密度；并且第二靶材料的第二密度大于该流体密度。

本文所公开的第五方面是一种靶流体，该靶流体包含具有流体密度的载流体；第一靶材料，所述第一靶材料的第一密度小于所述流体密度；和第二靶材料，该第二靶材料的第二密度大于该流体密度。