[发明专利]通过毛细管电泳(CE)DNA图谱对微卫星进行的比较分析

权利要求书

1.一种基于毛细管电泳(CE)图谱偏移(CE图谱偏移)确定至少一个微卫星不稳定性(MSI)的方法，CE图谱偏移通过至少一个微卫星的靶序列的毛细管电泳(CE)图谱(MSI靶图谱)和其特定野生型序列的毛细管电泳(CE)图谱(MS野生型图谱)之间的比较来确定，该方法包括以下步骤

-通过实时PCR同时扩增至少一种靶序列和至少一种特定野生型序列并在扩增期间标记其核酸，

-通过毛细管电泳(CE)分离标记的核酸并在扩增的同时实时检测至少一种靶序列和至少一种野生型序列的至少一种荧光团标记的扩增子，

-基于计算机程序地计算至少一种靶图谱和至少一种相应的野生型图谱，

-比较至少一个靶图谱和相应的野生型图谱，和

-确定靶图谱和相应的野生型图谱之间的CE图谱偏移。

2.根据权利要求1所述的方法，其中至少扩增、分离、检测和计算的步骤在一个封闭系统中自动进行。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中MS野生型序列代表未受影响的感兴趣的微卫星基因座，而MSI靶序列代表可能受MSI影响的感兴趣的微卫星基因座。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中至少一个感兴趣的微卫星的MSI靶图谱的偏移是用于与至少一个选择的微卫星相关的医学适应症的证据。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述MSI靶序列及其特定野生型序列选自包括NR-21、NR-22、NR-24、NR-27、D2S123、D5S346、D17S250、Mono27、CAT-25、HT-17、Bat-52、Bat-55、Bat-56、Bat-57、Bat-59、Bat-25和/或Bat-26的STR生物标志物。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述MSI靶序列及其特定野生型序列选自NR-21、NR-24、Mono27、D2S123、D5S346、D17S250、Bat-25和/或Bat-26。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中至少一种CE图谱偏移与炎症、癌症、炎症相关癌症和/或自身免疫疾病相关。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中同时分析至少四个或更多个不同的微卫星。

9.通过根据权利要求1至8中任一项所述的方法获得的至少一种靶序列的MSI靶图谱和/或至少一种野生型序列的MS野生型图谱。

10.至少一种引物对的用途，其对至少一种微卫星的至少一种靶序列及其特定野生型序列具有特异性并适于扩增该至少一种微卫星的至少一种靶序列及其特定野生型序列，其中所述至少一种引物对中的至少一种引物包含用于CE中迁移表现的调节的人工加尾序列并且引物对的至少一个引物包含荧光团，其中人工加尾序列包含高含量的腺苷和/或胸苷、六甘醇部分、或单独地或与进一步的5'端核苷酸延伸组合共价连接的扭曲嵌入核酸结构块。

11.根据权利要求10所述的用途，用于获得至少一种MSI靶序列和至少一种MS野生型序列的标记扩增子，其可在根据权利要求1至8中任一项所述的方法中检测。

12.根据权利要求10或11所述的用途，用于生物样品中包含的核酸的体外分析，用于基于根据权利要求1至8中任一项所述的毛细管电泳(CE)图谱中的偏移确定至少一种微卫星不稳定性(MSI)。