[发明专利]通过毛细管电泳(CE)DNA图谱对微卫星进行的比较分析

说明书

本发明涉及一种基于毛细管电泳(CE)图谱的偏移(CE图谱偏移)来确定至少一个微卫星不稳定性(MSI)的方法，CE图谱偏移是通过至少一个微卫星的靶序列的毛细管电泳(CE)图谱(MSI靶图谱)和其特定野生型序列的毛细管电泳(CE)图谱(MS野生型图谱)之间的比较确定的。此外，本发明包括用于所述方法的合适的引物、包含成功执行所述方法的所有必要组件的试剂盒、作为系统的完全封闭的装置，即“MSI Modaplex分析系统”和用于诊断与一种炎症、癌症、炎症相关癌症和/或自身免疫疾病相关的MSI表型的方法，其中所述诊断包括用于确定如上所述的至少一种CE图谱偏移的方法。最后，本发明涉及改进的MSI组用于确定和优选诊断MSI肿瘤的用途，所述组由STR生物标志物NR‑21、NR‑24、Mono27、D2S123、D5S346、D17S250、Bat‑25和Bat‑26组成。

技术领域

本发明涉及一种基于毛细管电泳(CE)图谱中的偏移(CE图谱偏移)来确定至少一个微卫星不稳定性(MSI)的方法，CE图谱偏移是通过至少一个微卫星的靶序列的毛细管电泳(CE)图谱(MSI靶图谱)与其特定野生型序列的毛细管电泳(CE)图谱(MS野生型图谱)之间的比较来确定的。此外，本发明涵盖用于所述方法的合适的引物、包含用于成功执行所述方法的所有必要组件的试剂盒、作为系统的完全封闭的装置，即“MSI Modaplex分析系统”和用于诊断与炎症、癌症、炎症相关癌症和/或自身免疫疾病相关联的MSI表型的方法，其中所述诊断包含用于确定如上所述的至少一种CE图谱偏移的方法。最后，本发明涉及改进的MSI组用于确定和优选诊断MSI肿瘤的用途，所述组由STR生物标志物NR-21、NR-24、Mono27、D2S123、D5S346、D17S250、Bat-25和Bat-26组成。

背景技术

在现有技术中，公开了用于识别微卫星不稳定性(MSI)的各种方法。EP1478781公开了一种评估与肿瘤相关的微卫星不稳定性的方法，其中扩增包含来自肿瘤的基因组DNA的生物样品中的微卫星基因座，确定DNA扩增产物的大小，然后比较肿瘤扩增产物的大小和正常扩增产物的大小。当肿瘤DNA扩增产物的大小被确认为比相应的正常扩增产物短至少3bp或2bp时，评估MSI。所述方法是针对生物标志物Bat-26、Bat-25、NR-21、NR-22、NR-24和NR-27公开的。所述方法的缺点是上述用于评估MSI的解决方案的前提。WO02086448A2公开了一种MSI检测方法及其与不同的生物标志物在肿瘤诊断中的用途。所述方法的缺点是使用者或医生必须处理使MSI的诊断相对困难的残迹伪影(stutter artefact)。

发明内容

因此申请人基于Modaplex技术转而开发了一种基于实时PCR结合毛细管凝胶电泳的方法，一种克服缺点并结合更多生物标志物的新方法，用于有效确定MSI，并有可能用于有效的诊断。此外，还提供一种全封闭装置。与现有技术相比的区别特征是MSI的确定和所述MSI的识别是基于在所述实时PCR期间获得的并且未解析为CE电泳图中的单分子峰的扩增子的迁移图谱来进行的。

根据本发明，不区分残迹伪影。因此，MSI存在的证据不是识别的序列，也不是其大小[bp]，而是在实时PCR和CE中，潜在的MSI靶序列的扩增子的表现和相应的野生型序列的扩增子的表现。所述表现由在某些条件下通过毛细管的迁移来展示，并且所述迁移由相应的扩增子的图谱反映，如图1A和B所示。如果识别出图谱之间的偏移，则两种图谱的以下比较可以作为MSI的证据。

因此，本发明结合了实时PCR和毛细管电泳(与毛细管凝胶电泳同义)的优点，但没有对所获得的扩增子进行解析和测序到单个碱基。