[发明专利]用于生物流体的蛋白质冕分析的组合物、方法和系统及其用途

说明书

本公开提供用于生物流体的生物分子冕分析的方法和组合物。生物流体可以与纳米颗粒接触以形成生物分子冕，并且可以分析所得的冕的组成。还提供了制备用于通过串行探询进行冕分析的生物流体的方法。

交叉引用

本申请要求2019年3月26日提交的名称为“用于生物流体的蛋白质冕分析的组合物、方法和系统及其用途”的第62/824,279号申请(律师案号53344-711.101)以及2019年3月26日提交的名称为“用于生物流体的蛋白质冕分析的组合物、方法和系统及其用途”的第62/824,284号申请(律师案号53344-712.101)的权益，所述申请各自通过引用整体并入本文中用于所有目的。

背景技术

生物流体包含各种蛋白质，所述蛋白质的存在和浓度可以指示受试者健康状态。高峰度的蛋白质及其他蛋白质可能掩盖测定的信号。蛋白质冕可以在颗粒暴露于包含蛋白质的生物流体时在颗粒上形成。对蛋白质冕的许多工作已经在来自血流(血浆或血清)上进行。多样化的生物流体与颗粒的相互作用大部分是未知的。

分级分离可以用于在测定生物流体时降低高丰度蛋白的信号。目前存在各种分级分离方法，其促进蛋白质的分离和提取。这些方法允许在测定中检测不同的蛋白质图谱(profile)。然而，仍然需要更多样化的蛋白质组学的分析。

发明内容

在各种方面中，本公开提供一种串行探询样品的方法，所述方法包括：a)使所述样品与第一颗粒类型接触并且将所述第一颗粒类型与所述样品一起孵育以形成第一生物分子冕，其中在所述第一颗粒类型与所述样品一起孵育时所述第一生物分子冕形成并且其中所述第一生物分子冕包含蛋白质；b)将包含所述第一生物分子冕的第一颗粒类型与所述样品分离；c)使所述样品与第二颗粒类型接触并且将所述第二颗粒类型与所述样品一起孵育以形成第二生物分子冕，其中在所述第二颗粒类型与所述样品一起孵育时所述第二生物分子冕形成，其中所述第二生物分子冕包含蛋白质，并且进一步地其中(i)所述第一颗粒类型和所述第二颗粒类型是相同的颗粒类型，或者(ii)所述第一颗粒类型和所述第二颗粒类型不同；d)将包含所述第二生物分子冕的所述第二颗粒类型与所述样品分离；e)测定所述第一生物分子冕和所述第二生物分子冕以基于所测定的第一生物分子冕和第二生物分子冕而确定所述样品中的多种蛋白质的组成和浓度。

在一些方面中，在将所述第一颗粒类型与所述样品一起孵育以形成所述第一生物分子冕时，如通过总蛋白分析方法测量的，相对于所述样品中多种蛋白质的动态范围压缩所述第一生物分子冕中的多种蛋白质的动态范围。

在一些方面中，所述第一生物分子冕中的多种蛋白质的动态范围是以下a)与b)的第一比率：a)由在所述第一生物分子冕中的多种蛋白质中的较高丰度蛋白产生的信号；b)由所述第一生物分子冕中的多种蛋白质中的较低丰度蛋白产生的信号。在一些方面中，所述第一生物分子冕中的多种蛋白质的动态范围是所述第一生物分子冕中的多种蛋白质中的最高丰度蛋白的浓度与最低丰度蛋白的浓度的第一比率。在一些方面中，所述第一生物分子冕中的多种蛋白质的动态范围是所述第一生物分子冕中的多种蛋白质中前十分位数蛋白质与后十分位数蛋白质的第一比率。在一些方面中，所述第一生物分子冕中的多种蛋白质的动态范围是第一比率，所述第一比率包括所述第一生物分子冕中的多种蛋白质中的蛋白质的四分间距的跨度。在一些方面中，所述第一生物分子冕中的多种蛋白质的动态范围是第一比率，所述第一比率包括所述第一生物分子冕中的多种蛋白质中的所有蛋白质浓度相对于样品中的相同蛋白质的已知浓度的曲线中的拟合数据的斜率。