[发明专利]用于核酸测序及相关应用的方法和试剂

说明书

本发明技术总体上涉及用于提供错误校正的核酸序列的方法和相关联的试剂。具体地，若干实施例涉及包括发夹形状的衔接子分子以及在双链测序和其它测序应用中使用此类衔接子的方法。在一些实施例中，包括第一链和第二链两者的物理连接的核酸复合物可以在测序表面上的同一克隆簇中进行扩增和独立测序。

技术领域

本发明技术总体上涉及用于提供高准确度(例如，错误校正的)核酸序列的方法和相关试剂。具体地，若干实施例涉及包括发夹形状的衔接子分子以及在双链测序和其它测序应用中使用此类衔接子的方法。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2019年8月1日提交的美国临时专利申请第62/881,936号的优先权和权益，所述美国临时专利申请的公开内容特此以全文引用的方式并入。

背景技术

双链测序是这样一种错误校正的方法，通过将源自各个双链核酸分子中的两条链的序列信息进行比较来实现卓越的序列准确度。关于双链测序过程或其它高准确度测序方式的效率，转化效率可以定义为输入到测序文库制备反应中的独特核酸分子的分数，从所述测序文库制备反应中产生至少一个双链共有序列读段(或其它高准确度序列读段)。在一些情况下，转换效率的不足可能限制高准确度测序在一些应用中的实用性，否则其将非常适合。例如，低转化效率将导致靶双链核酸的拷贝数有限的情况，这可能导致产生的序列信息量少于期望量。需要有成本效益且高效制造的方法来合成核酸分子的原始序列读段，以用于各种应用，包含双链测序应用。

发明内容

本发明技术总体上涉及用于核酸测序的方法和相关试剂。具体地，技术的一些方面涉及用于实现以更快的速率(例如，以更少的步骤)和/或以更少的成本(例如，使用更少的试剂)提供的高准确度测序读段并产生增加的期望的数据的方法。技术的其它方面涉及用于提高双链测序转换效率的方法和试剂。本发明技术的各个方面在临床前和临床测试和诊断以及其它应用中具有许多应用。

在一些方面，本公开提供了对双链靶核酸分子进行测序的方法，所述方法包括以下步骤：(a)在表面上扩增物理连接的核酸复合物，以产生以正向取向和反向取向两者与所述表面结合的物理连接的核酸复合物扩增子，其中所述物理连接的核酸复合物包括：(i)所述双链靶核酸分子；(ii)所述双链靶核酸分子的第一端上的包括接头结构域的第一衔接子；以及(iii)所述双链靶核酸分子的第二端上的具有双链部分和单链部分的第二衔接子；(b)去除(i)以所述反向取向与所述表面结合的所述物理连接的核酸复合物扩增子或(ii)以所述正向取向与所述表面结合的所述物理连接的核酸复合物扩增子；(c)切割剩余结合的物理连接的核酸复合物扩增子的一部分，以提供包括来自一条链的信息的单链扩增子的子集和物理连接的核酸复合物扩增子的子集；(d)对所述单链扩增子的子集进行测序，以提供源自所述双链靶核酸分子的原始链的测序读段；(e)在所述表面上扩增物理连接的核酸复合物扩增子的子集；(f)去除处于其它取向的所述物理连接的核酸复合物扩增子；(g)切割剩余结合的物理连接的核酸复合物扩增子，以提供包括来自另一条链的信息的单链扩增子；以及(h)对所述单链扩增子进行测序，以提供源自所述双链靶核酸分子的另一条原始链的测序读段。