[发明专利]使用同步标志物检测评估弥漫性神经胶质瘤和对治疗的应答性

权利要求书

1.一种用于检测受试者的弥漫性神经胶质瘤的方法，所述方法包括：

a)获得所述受试者的生物样品；

b)从所述样品中分离基因组DNA；

c)同时检测所述基因组DNA的一个或多个所关注区域中的突变的存在或不存在以及甲基化水平；

d)将所述一个或多个所关注区域的所述突变的存在或不存在以及所述甲基化水平与参考值进行比较；

e)当测得的突变的存在或不存在以及所述甲基化水平偏离所述参考值时，将所述受试者分类为患有弥漫性神经胶质瘤。

2.根据权利要求1所述的方法，其中在分离所述基因组DNA之后，对所述基因组DNA进行处理以使游离DNA末端去磷酸化。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述DNA是用磷酸酶进行处理的。

4.根据权利要求2所述的方法，其中所述DNA与核酸酶接触以产生靶向双链断裂，由此产生一个或多个所关注区域。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述一个或多个所关注区域包含IDH1、IDH2和MGMT基因，包含所述基因的5'和3'侧接区域。

6.根据权利要求4或权利要求5所述的方法，其中所述双链断裂是用CRISPR产生的。

7.根据权利要求5或权利要求6所述的方法，其中用于MGMT的CRISPR crRNA包括SEQ IDNO:1-2，用于IDH1的CRISPR crRNA包括SEQ ID NO:3-4，并且用于IDH2的CRISPR crRNA包括SEQ ID NO:5-6。

8.根据权利要求1到5中任一项所述的方法，其包括修饰所述所关注区域的游离末端以辅助测序衔接子的连接。

9.根据权利要求8所述的方法，其包括将一个或多个测序衔接子分子连接到所述一个或多个所关注区域；以及对所述所关注区域进行测序。

10.根据权利要求9所述的方法，其中使用纳米孔测序。

11.一种用于评估患有或疑似患有弥漫性神经胶质瘤的受试者对治疗剂的应答性的方法，所述方法包括：

a)获得所述受试者的生物样品；

b)从所述样品中分离基因组DNA；

c)同时检测所述基因组DNA的一个或多个所关注区域中的突变的存在或不存在以及甲基化水平；

d)将所述一个或多个所关注区域的所述突变的存在或不存在以及所述甲基化水平与参考值进行比较；

e)基于所述突变的存在或不存在以及所述甲基化水平来评估疗法应答性。

12.根据权利要求11所述的方法，其中在分离所述基因组DNA之后，对所述基因组DNA进行处理以使游离DNA末端去磷酸化。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述基因组DNA是用磷酸酶进行处理的。

14.根据权利要求12所述的方法，其中所述DNA与核酸酶接触以产生靶向双链断裂，由此产生一个或多个所关注区域。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述一个或多个所关注区域包含IDH1、IDH2和MGMT基因，包含所述基因的5'和3'侧接区域。

16.根据权利要求14或权利要求15所述的方法，其中所述双链断裂是用CRISPR产生的。