[发明专利]使用同步标志物检测评估弥漫性神经胶质瘤和对治疗的应答性

说明书

本公开涉及一种用于同时检测受试者的生物样品中的突变和甲基化水平的方法。具体地，本公开涉及一种用于诊断受试者的中枢神经系统肿瘤，如弥漫性神经胶质瘤的方法，并且包括以下步骤：同时确定一个或多个所关注区域中的突变的存在或不存在以及甲基化水平。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2019年10月11日提交的美国临时申请序列第62/914,141号的优先权，所述美国临时申请通过引用整体并入本文。

技术领域

本公开总体上涉及用于检测受试者的生物样品的弥漫性神经胶质瘤以及评估对治疗的应答性的方法。

序列表的引用

本申请含有已经以ASCII格式通过EFS-Web递交的序列表并且所述序列表特此通过引用整体并入本文。创建于2020年10月12日的所述ASCII副本命名为663400_SequnceListing_ST25并且大小为1,411字节。

背景技术

弥漫性神经胶质瘤(DG)占成人原发性恶性中枢神经系统肿瘤的80％，并且传统上是根据病理标准进行诊断的，以确定组织学类型(例如，星形细胞瘤、少突神经胶质瘤或少突星形细胞瘤)和恶性等级(如，I-IV级)。在2016年，世界卫生组织(WHO)诊断指南将分子标志物并入到DG的分类中。这些诊断生物标志物中的许多诊断生物标志物还用作预后指标，并且神经肿瘤学界已经支持将分子标志物整合到临床实践中。然而，迄今为止，生物标志物评估中存在广泛的可变性，因为分子技术和测试有效性在全世界甚至在地理区域内都是不一致的。因此，使用可以同时评估多种生物标志物的新型测序技术是克服当前临床实践限制的有吸引力的选择。

因此，本领域需要可以同时评估多种生物标志物的测序技术，以在中枢神经系统肿瘤的治疗和护理期间在决策过程中指导医师和患者。

发明内容

在本公开的各个方面中，提供了用于通过获得受试者的生物样品来检测所述受试者的弥漫性神经胶质瘤的方法；从所述样品中分离基因组DNA；同时检测所述基因组DNA的一个或多个所关注区域中的突变的存在或不存在以及甲基化水平；将所述一个或多个所关注区域的所述突变的存在或不存在以及所述甲基化水平与参考值进行比较；当测得的突变的存在或不存在以及所述甲基化水平偏离所述参考值时，将所述受试者分类为患有弥漫性神经胶质瘤。

在一些实施例中，所述方法包含在分离之后对魔力DNA进行处理以使游离DNA末端去磷酸化。在一些实施例中，所述DNA是用磷酸酶进行处理的。

在另一方面，所述方法包括使所述DNA与核酸酶接触以产生靶向双链断裂，由此产生一个或多个所关注区域。在示例性实施例中，一个或多个所关注区域包含IDH1、IDH2和MGMT基因，包含所述基因的5'和3'侧接区域。在一些实施例中，所述靶向双链断裂是通过CRISPR产生的。在示例性实施例中，用于MGMT的CRISPR crRNA包括SEQ ID NO:1-2，用于IDH1的CRISPR crRNA包括SEQ ID NO:3-4，并且用于IDH2的CRISPR crRNA包括SEQ ID NO:5-6。

在一些实施例中，所述方法包含在用核酸酶切割之后修饰所述所关注区域的游离末端以辅助测序衔接子的连接。因此，在一些实施例中，所述方法包含将一个或多个测序衔接子分子连接到所述一个或多个所关注区域；以及对所述所关注区域进行测序。在特定方面，使用纳米孔测序。

本公开还提供了用于通过获得患有或疑似患有弥漫性神经胶质瘤的受试者的生物样品来评估所述受试者对治疗剂的应答性的方法；从所述样品中分离基因组DNA；同时检测所述基因组DNA的一个或多个所关注区域中的突变的存在或不存在以及甲基化水平；将所述一个或多个所关注区域的所述突变的存在或不存在以及所述甲基化水平与参考值进行比较；基于所述突变的存在或者不存在以及所述甲基化水平来评估疗法应答性。