[发明专利]使用NF-KB转位测定来评估MALT1抑制剂的功效的方法

说明书

本发明描述了用于确定MALT1抑制剂在人类受试者中的治疗功效的方法和试剂。该方法涉及确定从该受试者获得的血液样本的经刺激的PBMC中的NF‑κB核转位。该方法提供用于指导接受MALT1抑制剂疗法的那些受试者的治疗决策的信息，改善优化疗法的准确性，降低毒性并且/或者监测治疗性处理的功效。

相关申请的交叉引用

本申请要求2019年11月22日提交的美国临时申请62/939,022的优先权，该临时申请的公开内容全文以引用方式并入本文。

技术领域

本申请涉及NF-KB转位测定以及此类测定在预测MALT1(粘膜相关淋巴组织淋巴瘤转位蛋白1)抑制剂的功效和设计在受试者中治疗的方法方面的用途。具体地，本申请涉及用于通过测量受试者的经刺激的外周血单核细胞(PBMC)中NF-κB核转位的抑制来评估受试者中MALT1抑制剂的药效学效应的测定。

背景技术

核因子-κB转录因子(NF-κB)复合物调节细胞增殖、存活和抗药性方面的重要基因。哺乳动物中的NF-κB转录因子家族由五种蛋白质p50、p52、p65、Rel-B和c-Rel组成，它们彼此缔合以形成不同的转录活性同二聚体和异二聚体复合物。在未经刺激的细胞中，NF-κB复合物通过κB抑制剂(IκB)在血浆中保持失活状态。当被通常来自细胞外部的信号激活时，IκB激酶(IKK)使IκB磷酸化，这导致IκB的降解和NF-κB复合物的释放以转位至细胞核并激活靶基因。NF-κB复合物的核转位是将细胞外刺激与特定靶基因的转录激活偶联的关键步骤。

已知NF-κB途径的异常活性与许多疾病(诸如不同类型的B细胞非霍奇金淋巴瘤(NHL)和慢性淋巴细胞白血病(CLL))的发病机制的组成部分。NF-κB信号传导的组成型激活是活化B细胞样亚型的弥漫性大B细胞淋巴瘤(ABC-DLBCL)的标志，所述ABC-DLBCL是弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的更具侵袭性的形式。DLBCL是最常见的非霍奇金淋巴瘤(NHL)形式，占淋巴瘤病例的约25％，而ABC-DLBCL占DLBCL的约40％。NF-κB途径激活可由信号传导组分的突变来驱动，诸如ABC-DLBCL患者的CD79A、CD79B、CARD11、MYD88和A20中的一个或多个基因的突变。

MALT1(粘膜相关淋巴组织淋巴瘤转位蛋白1)是经典NF-κB信号传导途径的关键介质。MALT1通过两种机制影响NF-κB信令：(1)MALT1作为支架蛋白起作用，并募集NF-κB信号蛋白，诸如TRAF6、TAB-TAK1或NEMO-IKKα/β；以及(2)作为半胱氨酸蛋白酶的MALT1切割并因此使NFKB信号传导的负调节因子诸如RelB、A20或CYLD去激活。MALT1活性的最终终点是NF-κB转录因子复合物的核转位和NF-κB信号传导的激活。

API2-MALT1癌蛋白是NF-κB途径的有效激活因子。它包含与MALT1的羧基末端融合的细胞凋亡抑制剂2(API2或cIAP2)的氨基末端，并且通过MALT淋巴瘤中的染色体转位产生。API2-MALT1模拟配体结合的TNF受体并促进RIP1的TRAF2依赖性泛素化，这种泛素化充当激活典型NF-κB信号传导的支架。此外，API2-MALT1已被证明切割并生成NF-κB诱导激酶(NIK)的稳定、组成型活性片段，从而激活非典型NF-κB途径。

据信MALT1抑制可以：1)允许在患有对另选途径抑制药物有抗性的肿瘤的参与者中抑制NF-κB活性，2)当与其他NF-κB抑制剂组合时增强抑制，以及3)在具有某些遗传突变的恶性肿瘤中是杀肿瘤的。BTK抑制剂(例如依鲁替尼)的使用提供了临床概念验证，即抑制ABC-DLBCL中的NF-κB信号传导是有效的。MALT1位于NF-κB信号传导途径中BTK的下游，并且MALT1抑制剂可靶向对依鲁替尼无反应的ABC-DLBCL患者(诸如具有CARD11突变的患者)，以及治疗获得对依鲁替尼的抗性的患者。MALT1的小分子抑制剂已在ABC-DLBCL的临床前模型中展示出功效。