[发明专利]碱基的甲基化度的计算方法及程序

权利要求书

1.一种碱基的甲基化度的计算方法，其计算具有共甲基化位点的DNA中的目标位置的碱基的甲基化度，所述方法包括如下步骤：

获取使用测序仪对具有共甲基化位点的DNA进行序列分析而获得的序列分析数据；

根据所述序列分析数据中包含的品质信息来校正读长中的所述共甲基化位点的碱基；及

根据校正后的读长计算所述目标位置的碱基的甲基化度。

2.一种碱基的甲基化度的计算方法，其计算具有共甲基化位点的DNA中的目标位置的碱基的甲基化度，所述方法包括如下步骤：

获取使用测序仪对具有共甲基化位点的DNA进行序列分析而获得的序列分析数据；

根据所述序列分析数据中包含的品质信息来校正读长，而且去除在所述共甲基化位点之间碱基不一致的读长；及

根据剩余的读长计算所述目标位置的碱基的甲基化度。

3.一种碱基的甲基化度的计算方法，其计算DNA中的目标位置的碱基的甲基化度，所述方法包括如下步骤：

获取使用下一代测序仪通过配对末端法对DNA进行序列分析而获得的序列分析数据；

根据所述序列分析数据中包含的品质信息来校正配对末端读长；及

根据校正后的读长计算所述目标位置的碱基的甲基化度。

4.一种碱基的甲基化度的计算方法，其计算DNA中的目标位置的碱基的甲基化度，所述方法包括如下步骤：

获取使用下一代测序仪通过配对末端法对DNA进行序列分析而获得的序列分析数据；

根据所述序列分析数据中包含的品质信息来校正读长，而且去除在配对末端读长之间所述目标位置的碱基不一致的配对末端读长；及

根据剩余的读长计算所述目标位置的碱基的甲基化度。

5.一种碱基的甲基化度的计算方法，其计算DNA中的目标位置的碱基的甲基化度，所述方法包括如下步骤：

获取使用测序仪对附加有分子条形码的DNA进行序列分析而获得的序列分析数据；

根据所述序列分析数据中包含的品质信息来校正读长；

将校正后的读长分为分子条形码相同的读长组；

在所述各读长组中确定在所述目标位置上最频出的碱基；及

根据所述最频出的碱基的集合来计算所述目标位置的碱基的甲基化度。

6.一种碱基的甲基化度的计算方法，其计算DNA中的目标位置的碱基的甲基化度，所述方法包括如下步骤：

获取使用测序仪对附加有分子条形码的DNA进行序列分析而获得的序列分析数据；

根据所述序列分析数据中包含的品质信息来校正读长；

将校正后的读长分为分子条形码相同的读长组，而且在所述各读长组中去除包含所述目标位置的区域的序列没有同一性的读长，获得分子条形码相同且包含所述目标位置的区域的序列相同的读长组；

在所述分子条形码相同且包含所述目标位置的区域的序列相同的各读长组中确定所述目标位置的碱基；及

根据所述确定的碱基的集合来计算所述目标位置的碱基的甲基化度。

7.一种碱基的甲基化度的计算方法，其计算DNA中的目标位置的碱基的甲基化度，所述方法包括如下步骤：

获取使用测序仪对DNA进行多次序列分析而获得的多个序列分析数据；

对每次的所述序列分析数据，根据所述序列分析数据中包含的品质信息来校正读长，根据校正后的读长计算所述目标位置的碱基的甲基化度；及

根据所有次的所述甲基化度的集合来计算代表值，将所述代表值作为所述目标位置的碱基的甲基化度。

8.根据权利要求7所述的碱基的甲基化度的计算方法，其中，

在所有次的所述甲基化度的集合为相互存在偏差及包含特异性地大或小的甲基化度中的一者或两者时，计算出所述代表值及所述目标位置的碱基的甲基化度为无法计算。