[发明专利]碱基的甲基化度的计算方法及程序

说明书

一种碱基的甲基化度的计算方法以及程序，所述碱基的甲基化度的计算方法根据DNA的序列分析数据来计算碱基的甲基化度，所述方法包括在利用共甲基化位点、利用配对末端读长、利用分子条形码或利用多个序列分析数据时，根据序列分析数据的品质信息来校正读长的步骤，所述程序用于使计算机执行碱基的甲基化度的计算方法。

技术领域

本发明涉及一种根据DNA的序列分析数据来计算碱基的甲基化度的方法及程序。

背景技术

存在甲基附加到构成DNA的碱基的碳原子，碱基被甲基化的现象。已知碱基的甲基化作为基因表达的控制因素发挥作用，作为对阐明生命现象的机理或疾病的诊断有用的信息而受到关注。

DNA中的碱基的甲基化度的测量方法有几种，代表性的一种是使用读取核酸的碱基序列的装置即测序仪的方法。例如，有组合了亚硫酸氢盐处理、基于PCR(polymerasechain reaction：聚合酶链式反应)和测序仪的序列分析的方法(即亚硫酸氢盐测序法)。当用亚硫酸氢盐(Bisulfite)处理DNA时，非甲基化胞嘧啶转化为尿嘧啶，另一方面，甲基化胞嘧啶作为胞嘧啶残留。即，通过亚硫酸氢盐处理，胞嘧啶的甲基化状态(未被甲基化，或被甲基化)转换为其位置的序列信息(尿嘧啶或胞嘧啶)。接着，通过PCR进行DNA片段的扩增。在该过程中，尿嘧啶转化为胸腺嘧啶。接着，使用测序仪分析扩增产物的序列。通过确定分析对象的位置的碱基是胸腺嘧啶还是胞嘧啶，能够知道DNA中的目标位置的胞嘧啶的甲基化状态。

例如，在日本特表2007-502126号公报及日本特表2005-514035号公报中公开了改变亚硫酸氢盐测序法的碱基的甲基化的检测方法。

发明内容

发明要解决的技术课题

根据亚硫酸氢盐测序法，理论上能够在0～100％的范围内定量DNA中的任意位置的胞嘧啶的甲基化度。然而，实际上，由于亚硫酸氢盐处理时的碱基的转换错误、PCR的扩增错误、测序仪的读取错误等，定量性的准确性有限制。

本发明的实施方式是鉴于上述情况而完成的。

本发明的课题在于，提供一种根据DNA的序列分析数据更准确地计算碱基的甲基化度的方法及程序。

用于解决技术课题的手段

用于解决上述课题的具体的方案包括下述方式。

＜1＞一种碱基的甲基化度的计算方法，其计算具有共甲基化位点的DNA中的目标位置的碱基的甲基化度，所述方法包括如下步骤：

获取使用测序仪对具有共甲基化位点的DNA进行序列分析而获得的序列分析数据；

根据序列分析数据中包含的品质信息来校正读长(reads)中的共甲基化位点的碱基；及

根据校正后的读长计算目标位置的碱基的甲基化度。

＜2＞一种碱基的甲基化度的计算方法，其计算具有共甲基化位点的DNA中的目标位置的碱基的甲基化度，所述方法包括如下步骤：

获取使用测序仪对具有共甲基化位点的DNA进行序列分析而获得的序列分析数据；

根据序列分析数据中包含的品质信息来校正读长，而且去除在共甲基化位点之间碱基不一致的读长；

根据剩余的读长计算目标位置的碱基的甲基化度。

＜3＞一种碱基的甲基化度的计算方法，其计算DNA中的目标位置的碱基的甲基化度，所述方法包括如下步骤：

获取使用下一代测序仪通过配对末端法对DNA进行序列分析而获得的序列分析数据；

根据序列分析数据中包含的品质信息来校正配对末端读长；及

根据校正后的读长计算目标位置的碱基的甲基化度。