[发明专利]一种鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记及其方法与应用有效
| 申请号： | 202110005136.1 | 申请日： | 2021-01-05 |
| 公开（公告）号： | CN112322778B | 公开（公告）日： | 2021-04-20 |
| 发明（设计）人： | 王继永;郑司浩;曾燕;刘美娟;尚兴朴;赵莎;王浩;刘国城;静一;孙文静;朱亚兵 | 申请（专利权）人： | 中国中药有限公司;深圳华大基因科技服务有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12Q1/6869;C12N15/11 |
| 代理公司： | 北京知联天下知识产权代理事务所(普通合伙) 11594 | 代理人： | 史光伟;张迎新 |
| 地址： | 100195 北京市海*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 鉴别 内蒙古 黄芩 snp 分子 标记 及其 方法 应用 | ||
1.一种利用鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记鉴别黄芩产地的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
获取待测样本DNA；
对检测合格的待测样本DNA进行建库测序，获得样本DNA测序数据；
对所述样本DNA测序数据进行质控，获得样本DNA质控数据；
将所述样本DNA质控数据与参考序列进行比对、去重以及SNP检测得到待测样本SNP基因；
将相同染色体位置处的所述待测样本SNP基因与鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记进行比对，判断是否有19个所述待测样本SNP基因与所述鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记相同：
若有，则判断待测样本为内蒙古产地黄芩；若没有则所述待测样本为非内蒙古产地黄芩；
其中，所述鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记包括19个SNP分子标记，所述19个SNP分子标记涉及的单核苷酸为下表所示的19个SNP碱基，所述19个SNP碱基对应SEQ ID NO.1~SEQID NO.19所示序列的第6位，19个SNP位点的碱基如下所示：
。
2.根据权利要求1所述的利用SNP分子标记鉴别黄芩产地的方法，其特征在于，所述待测样本DNA的测序采用高通量测序。
3.根据权利要求1所述的利用SNP分子标记鉴别黄芩产地的方法，其特征在于，所述对所述样本DNA测序数据进行质控包括：
对所述样本DNA测序数据的原始reads进行过滤；
所述过滤规则包括：
去掉接头序列；
去掉序列中N的数量小于等于序列长度2%的reads；
去掉测序质量低于20的碱基数量超过序列长度的40%的reads。
4.权利要求1的利用鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记鉴别黄芩产地的方法在鉴别内蒙古产黄芩中的应用。
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