[发明专利]一种鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记及其方法与应用

说明书

本发明涉及一种鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记及其方法与应用，所述分子标记包括19个SNP分子标记，所述19个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.19所示。本发明的鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记物及其方法与应用，采用基因组学技术，在黄芩基因组层面获得SNP标记，能够快速准确确定所检测的黄芩产地是否为内蒙古产地。

技术领域

本发明属于分子生物学分子标记领域，特别涉及一种鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记物及其方法与应用。

背景技术

黄芩是一种广泛使用的中药材，其以根入药，味苦、性寒，有清热燥湿、泻火解毒、止血、安胎等功效。主治温热病、上呼吸道感染、肺热咳嗽、湿热黄胆、肺炎、痢疾、咳血、目赤、胎动不安、高血压、痈肿疖疮等症。黄芩的临床抗菌性比黄连好，而且不产生抗药性。据相关资料统计，目前市场上70％的中成药都含有黄芩，如常用的中成药清开灵口服液、双黄连颗粒/口服液/冻干粉针、银黄片/银黄颗粒/银黄口服液、小柴胡胶囊/小柴胡片/小柴胡颗粒、龙胆泻肝丸、固经丸等。黄芩主要产于河北、辽宁、吉林、内蒙古、山东、山西、陕西等地，不同产地的黄芩药材的药效质量差异较大。药材的“道地性”是由于各个地区生态环境差异导致药材的药效不同，特定的地理气候种植的特定的药材，才能更好地发挥药效，也是道地药材的精髓。

黄芩产地的鉴别一直是黄芩物种鉴定的技术难点，也是当前中药资源产业面临的行业难题。当前黄芩产地鉴别多运用性状鉴别及显微鉴别等方法，依赖个人经验及主观判断，准确性不高，技术可推广性不强。

而对于黄芩生产量较大的内蒙古地区，如何将其生产的黄芩与其他地区生产的黄芩进行区分，是中药鉴别人员急需解决的问题。

发明内容

针对上述问题，本发明提供了一种鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记物及其方法与应用。

一种鉴别内蒙古产黄芩的SNP分子标记，所述分子标记包括19个SNP分子标记，所述19个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.19所示。

进一步地，所述19个SNP分子标记的位点碱基如下所示。

进一步地，所述方法包括以下步骤：

获取待测样本DNA；

对检测合格的待测样本DNA进行建库测序，获得样本DNA测序数据；

对所述样本DNA测序数据进行质控，获得样本DNA质控数据；

将所述样本DNA质控数据与参考序列进行比对、去重以及SNP检测得到待测样本SNP基因；

将相同染色体位置处的所述待测样本SNP基因与内蒙古产黄芩的SNP分子标记进行比对，判断是否有18-19个所述待测样本SNP基因与所述内蒙古产黄芩的SNP分子标记相同：

若有，则判断待测样本为内蒙古产地黄芩；若没有则待测样本为非内蒙古产地黄芩。

进一步地，所述待测样本DNA的测序采用高通量测序。

进一步地，所述对所述样本DNA测序数据进行质控包括：

对所述样本DNA测序数据的原始reads进行过滤；

所述过滤规则包括：

去掉接头序列；

去掉序列中N的数量小于等于序列长度2%的reads；

去掉测序质量低于20的碱基数量超过序列长度的40%的reads。

进一步地，所述将所述样本DNA质控数据与参考序列进行比对、去重以及SNP检测得到待测样本SNP基因包括：