[发明专利]一种鉴别内蒙古杭锦旗甘草的SNP分子标记物及其方法与应用

权利要求书

1.一种鉴别内蒙古杭锦旗甘草的SNP分子标记物，其特征在于，所述分子标记物包括20个SNP分子标记，所述20个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.20所示，用于鉴定内蒙古杭锦旗甘草的 20个SNP分子标记的碱基分别位于SEQ ID NO.1~SEQ IDNO.20序列的第6位置处，20个SNP位点的碱基如下所示：

。

2.一种利用权利要求1所述的鉴别内蒙古杭锦旗甘草的SNP分子标记物鉴别甘草产地的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

获取待测样本DNA；

对检测合格的待测样本DNA进行建库测序，获得样本DNA测序数据；

对所述样本DNA测序数据进行质控，获得样本DNA质控数据；

以甘草在NCBI公共数据库中的基因组作为参考序列，将所述样本DNA质控数据与参考序列进行比对、去重后，进行SNP检测得到待测样本SNP基因；

将相同基因组位置处的所述待测样本SNP基因与所述鉴别内蒙古杭锦旗甘草的SNP分子标记进行比对，判断是否有19-20个所述待测样品的SNP基因与所述鉴别内蒙古杭锦旗甘草的SNP分子标记相同：

若有，则判断待测样品为内蒙古杭锦旗产地甘草；若没有，则待测样本为非内蒙古杭锦旗产地甘草。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述样本DNA的测序采用高通量测序。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述对所述样本DNA测序数据进行质控包括：

对所述样本DNA测序数据的原始reads进行过滤；

所述过滤规则包括：

去掉接头序列；

去掉序列中N的数量小于等于序列长度2%的reads；

去掉测序质量低于20的碱基数量超过序列长度的40%的reads。

5.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述将所述样本DNA质控数据与参考序列进行比对、去重后，进行SNP检测得到待测样本SNP基因：

以甘草在NCBI公共数据库中的基因组作为参考序列，利用比对软件进行序列比对，获得bam文件；

利用排序软件对所述bam文件进行排序，并移除重复序列；

利用基因分型软件处理排序去重之后的bam文件，获得待测样本初步SNP基因型；

利用“QUAL100 FS10 MQ40”参数降低所述样本初步SNP基因型的错误率，得到所述待测样本SNP基因型。

6.一种利用权利要求1的SNP分子标记物在鉴别内蒙古杭锦旗产甘草中的应用。

7.一种含权利要求1所述的SNP分子标记物的基因芯片或试剂盒。