[发明专利]一种鉴别内蒙古杭锦旗甘草的SNP分子标记物及其方法与应用

说明书

本发明涉及一种鉴别内蒙古杭锦旗产甘草的SNP分子标记物其方法与应用，所述分子标记物包括20个SNP分子标记，所述20个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.20所示。本发明的鉴别内蒙古杭锦旗产甘草的SNP分子标记物及其方法与应用，采用基因组学技术，在甘草基因组层面获得SNP标记，能够快速准确确定所检测的甘草产地是否为内蒙古杭锦旗产地。

技术领域

本发明属于分子生物学分子标记领域，特别涉及一种鉴别内蒙古杭锦旗甘草的SNP分子标记物及其方法与应用。

背景技术

甘草是一种大宗常用的中药材，其以根入药，味甘，平，有补脾益气，清热解毒，祛痰止咳，缓急止痛，调和诸药的功效。主治脾胃虚弱，倦怠乏力，心悸气短，咳嗽痰多，脘腹、四肢挛急疼痛，痈肿疮毒等症，缓解药物毒性、烈性。甘草有“十方九草”一说，在中药各复方中出现最为频繁，主要为调和诸药的作用。甘草的主产区有内蒙古、新疆、甘肃、宁夏等地，东北地区也有少量分布。不同产地的甘草药材质量和功效存在差异，且不同产地甘草的种子、药材等价格存在显著差异。

甘草产地的鉴别一直是甘草物种鉴定的技术难点，也是当前中药资源产业面临的行业难题。当前甘草产地鉴别多运用性状鉴别及显微鉴别等方法，依赖个人经验及主观判断，准确性不高，技术可推广性不强。

而对于甘草道地产区的内蒙古杭锦旗地区，如何将其生产的甘草与其他地区生产的甘草进行区分，是中药鉴别人员急需解决的问题。

发明内容

针对上述问题，本发明提供了一种鉴别内蒙古杭锦旗甘草的SNP分子标记物及其方法与应用。

一种鉴别内蒙古杭锦旗甘草的SNP分子标记物，所述分子标记包括20个SNP分子标记，所述20个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.20所示。

进一步地，所述20个SNP位点的碱基如下所示。

一种利用内蒙古杭锦旗甘草的SNP分子标记物鉴别甘草产地的方法，所述方法包括以下步骤：

获取待测样本DNA；

对检测合格的待测样本DNA进行建库测序，获得样本DNA测序数据；

对所述样本DNA测序数据进行质控，获得样本DNA质控数据；

将所述样本DNA质控数据与参考序列进行比对、去重以及SNP检测得到待测样本SNP基因；

将相同染色体位置处的所述待测样本SNP基因与内蒙古杭锦旗产甘草的SNP分子标记进行比对，判断是否有19-20个所述待测样本SNP基因与所述内蒙古杭锦旗产甘草的SNP分子标记相同：

若有，则判断待测样本为内蒙古杭锦旗产地甘草；若没有则待测样本为非内蒙古杭锦旗产地甘草。

进一步地，所述样本DNA的测序采用高通量测序。

进一步地，所述对所述样本DNA测序数据进行质控包括：

对所述样本DNA测序数据的原始reads进行过滤；

所述过滤规则包括：

去掉接头序列；

去掉序列中N的数量小于等于序列长度2%的reads；

去掉测序质量低于20的碱基数量超过序列长度的40%的reads。

进一步地，所述将所述样本DNA质控数据与参考序列进行比对、去重后，进行SNP检测得到待测样本SNP基因包括：

以甘草在公共数据库中的基因组作为参考序列，利用比对软件进行序列比对，获得bam文件；