[发明专利]与黄瓜果刺基座大小基因紧密连锁的InDel分子标记及其应用

权利要求书

1.一种用于检测黄瓜果刺基座大小共分离的InDel-SBS1分子标记的引物组合物，其特征在于，含有四条特异性引物，分别为：

正向引物1：5’- GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGTTATATTCATCTAA ATGTCTTAGTTGAAAAATTG-3’，其中第1～21碱基是检测接头序列；

正向引物2：5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGTTATATTCATCTA AATGTCTTAGTTGAAAAATTC-3’，其中第1～21碱基是检测接头序列；

反向引物1：5’-TAAAAAACAAGAAAGAAAAGTAAAGAAACATCG- 3’；和

反向引物2：5’-ATGTGTTTAGGTA AAACGAAAAACAAAGTGA-3’。

2.一种含有权利要求1所述的引物组合物的试剂盒。

3. 一种权利要求1所述的引物组合物在黄瓜果刺基座大小鉴定中的应用，其中，与大果刺基座基因共分离的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.8所示，与小果刺基座基因共分离的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.9所示。

4. 一种权利要求1所述的引物组合物在黄瓜果刺基座大小育种中的应用，其中，与大果刺基座基因共分离的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.8所示，与小果刺基座基因共分离的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.9所示。

5. 一种权利要求1所述的引物组合物在黄瓜果刺基座大小种质资源改良中的应用，其中，与大果刺基座基因共分离的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.8所示，与小果刺基座基因共分离的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.9所示。

6.一种鉴定黄瓜果刺基座大小的方法，包括以下步骤：

（1）提取待测黄瓜的基因组DNA；

（2）以待测黄瓜的基因组DNA为模板，利用权利要求1所述的引物组合物进行KASP反应；

（3）通过KASP系统的PHAstar荧光扫描仪和Kraken数据管理分析系统对PCR扩增产物进行分型检测，并以图表的形式呈现出来；图表分为X、Y轴，每一个数据点代表一个独立的DNA样品，相同基因型的样品会聚堆在一起；图表中靠近X、Y轴的是纯合基因型，靠近对角线位置的是杂合基因型，其中，靠近X轴的是大果刺基座型，靠近Y轴的是小果刺基座型。