[发明专利]与黄瓜果刺基座大小基因紧密连锁的InDel分子标记及其应用

说明书

本发明提供了一种与黄瓜果刺基座大小基因紧密连锁的InDel分子标记，命名为InDel‑SBS1分子标记，位于5号染色体20290735～20294659碱基位置，缺失核苷酸序列为4895 bp，缺失序列如SEQ ID NO.7所示。通过KASP技术，所述InDel‑SBS1分子标记可采用四条特异性引物检测得到。利用本发明的InDel‑SBS1分子标记，可以获得黄瓜果刺基座大小性状的相关基因SBS，能在黄瓜植株生长的任意阶段检测育种群体是否含有这一基因，建立快速、高效、简便的分子标记育种体系，节约大量的时间和成本，对改善黄瓜果实的外在品质具有重要的意义。

技术领域

本发明涉及基因工程技术领域的分子标记，特别涉及一种与黄瓜果刺基座大小基因紧密连锁的InDel分子标记及其应用。

背景技术

黄瓜是葫芦科甜瓜属一年生草本植物，在全世界范围内广泛种植，是我国设施栽培的主要蔬菜种类之一。黄瓜植株叶片、茎、雄花、卷须等器官表面密集覆盖着大量的表皮毛。叶片及茎表皮毛能够增强植株表皮的保护作用，提高植株对强光、紫外线、食草昆虫的防护能力。黄瓜果刺（Cucumis sativus L.Spine）是密集分布在果实表面的多细胞表皮毛，由上部针状刺和下部多细胞球状基座共同组成，其密度及大小决定了果实的光滑程度，是影响黄瓜商品价值的重要外观品质之一。目前我国市场流通黄瓜主要有三种类型，分别是北方密刺大刺黄瓜，南方稀刺大刺黄瓜和引自欧洲的小刺水果黄瓜。小刺水果黄瓜果刺基座极小，果实表面表现为光滑。相对于大刺黄瓜果实，小刺黄瓜果实易于清洗、包装、储运，且表面农药残留少。另外，由于世界各地人们消费习惯的不同，人们对黄瓜果刺大小的喜好不同。在综合考虑抗病性、丰产性等各项性状的同时，选育果刺大小等外观品质符合市场需求的品种也一直是黄瓜主要育种目标。

迄今，有关黄瓜果刺发育的研究主要集中在果刺多少方面，且已鉴定到的果刺多少调控基因大都影响黄瓜植株叶片等其他器官表皮毛的发育，从而影响植株的抗性。目前，特异性调控黄瓜果刺发育的基因还未见报道。另外，有关黄瓜果刺基座发育的分子调控的研究刚刚起步，尚缺少相应的参考依据。2018年狄胜强等对果刺基座大小性状进行遗传分析，证实该性状是由多基因控制的数量性状。但尚未有果刺基座大小基因（Spine Base Size，简称“SBS”）被精细定位，与果刺基座大小基因SBS紧密连锁的InDel标记尚未见报道。

由于还未有黄瓜果刺基座大小基因SBS的定位的报道，所以，目前，鉴定黄瓜果刺大小还需要育种者待黄瓜结实后对果刺基座形态的观察进行筛选，造成育种者不能从苗期进行选择，且不能对果刺性状进行精确的基因改良。

发明内容

有鉴于此，本发明提供一种与黄瓜果刺基座大小基因紧密连锁的InDel分子标记、鉴定方法及应用，以解决上述问题。

本发明提供的一个技术方案为：一种与黄瓜果刺基座大小基因紧密连锁的InDel分子标记，命名为InDel-SBS1，该InDel-SBS1位于5号染色体20290735～20294659碱基位置，缺失核苷酸序列为4895 bp，缺失序列如SEQ ID NO.7所示。

所述InDel-SBS1分子标记具有序列表SEQ ID NO.8所示的 71 个核苷酸序列，以及序列表SEQ ID NO.9所示的 69 个核苷酸序列。其中SEQ ID NO.8中的核苷酸序列与大果刺基座基因共分离，SEQ ID NO.9中的核苷酸序列与小果刺基座基因共分离。所以，该与基因SBS紧密连锁的InDel-SBS1分子标记可以快速、简便、高通量地应用于黄瓜果刺大小的检测和筛选，还能够在苗期进行分子标记辅助选择，实现黄瓜小果刺高品质黄瓜新品种的快速选育。

上述InDel-SBS1分子标记由以下任一特异性引物对进行PCR扩增获得：