[发明专利]一种预测MET基因拷贝数变化类型的方法及装置

说明书

一种预测MET基因拷贝数变化类型的方法及装置，该方法包括：基因拷贝数比值分析步骤，根据基线，分析基因拷贝数的比值；捕获区域分析步骤，根据比值，对待测样本的捕获区域进行拷贝数变异注释，根据注释的结果，预测待测样本中MET基因拷贝数是否发生变化；MET基因拷贝数变化类型预测步骤，对于预测结果为MET基因拷贝数增加的待测样本，获取基因拷贝数比值，统计基因拷贝数比值是否存在显著性差异，预测得到MET基因拷贝数增加的类型。以相同时间点的正常对照样本建立基线，避免待测样本分析CNV的结果存在偏差，显著提高MET基因拷贝数变化类型预测的灵敏度和特异度。

技术领域

本发明涉及生物信息学领域，具体涉及一种预测MET基因拷贝数变化类型的方法及装置。

背景技术

间质表皮转化因子(Mesenchymal to epithelial transition factor，简称MET)蛋白作为一种受体酪氨酸激酶，存在于上皮细胞中，能够参与很多生物学功能，位于人类第7条染色体(7q21-q31)区域，总长度超过120kb，其中包含21个外显子以及20个内含子。随着研究的深入，MET已被证实在多种恶性肿瘤中基因扩增，且已成为EGFR-TKIs的重要耐药机制之一，尤其在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)，已成为一个重要的肿瘤驱动基因和治疗靶点。目前有两种方式可引起MET基因拷贝数增加，一种为7号染色体多倍体(polysomy)，是指整条染色体臂的拷贝数增加，另一种为MET基因扩增(amplification)，是指MET基因独立于染色体臂发生拷贝数重复。研究表明，MET多倍体导致的MET基因拷贝数增加并不会影响EGFR-TKIs的活性，MET基因拷贝数增加不能直接说明EGFR-TKIs耐药，MET基因扩增才是肿瘤发生的驱动变异。实际应用中，鉴定方法主要包括荧光原位杂交(FISH)、微滴式数字PCR(ddPCR)、实时定量PCR(RT-PCR)等，每种鉴定方法都有各自的特点。

传统的方法，如FISH、ddPCR、RT-PCR等，存在操作繁琐、分辨率低等问题。具体地，荧光原位杂交技术(Fluorescence in situ hybridization，简称FISH)作为公认的检测CNV金标准方法，实验周期短，能够迅速得到结果、特异性好、定位准确，但是它只能定性检测，不能定量，此外，该方法判定的标准缺乏共识，导致不同实验室对结果判断存在较大的偏差。ddPCR是一种核酸分子绝对定量技术，但是其缺陷较多，包括通量不高、操作复杂、只能定性分析、容易污染等。实时荧光定量PCR：是指在PCR扩增过程中，通过荧光信号，对PCR进程进行实时检测。该方法在操作过程中存在很多陷阱，如：基线和阈值线设置不当，扩增效率低，使用了不正确的范围来制作标准曲线，使用了不恰当的均一化对照等等，导致结果的准确性降低。

发明内容

根据第一方面，在一些实施例中，提供一种预测MET基因拷贝数变化类型的方法，包括：

基因拷贝数比值分析步骤，根据同待测样本相同时间点且比对到参考基因组的正常样本测序数据建立的基线，分析比对到参考基因组的待测样本测序数据中基因拷贝数与正常样本中相应基因拷贝数的比值；

捕获区域分析步骤，根据所述比值，对待测样本的捕获区域进行拷贝数变异注释，根据注释的结果，预测待测样本中MET基因拷贝数是否发生变化，如果预测结果为MET基因拷贝数增加，则进入下一步骤；

MET基因拷贝数变化类型预测步骤，对于预测结果为MET基因拷贝数增加的待测样本，获取待测样本中发生拷贝数变异的捕获区域中，MET基因所包含的捕获区域的基因拷贝数比值以及7号染色体或7号染色体臂所包含的捕获区域的基因拷贝数比值，统计MET基因所包含的捕获区域的基因拷贝数比值与7号染色体或7号染色体臂所包含的捕获区域的基因拷贝数比值是否存在显著性差异，预测得到待测样本中MET基因拷贝数增加的类型。

根据第二方面，在一些实施例中，提供一种预测MET基因拷贝数变化类型的系统，包括：