[发明专利]一种癌症筛查用基因芯片探针的优选方法

说明书

本发明涉及一种癌症筛查用基因芯片探针的优选方法，其特征为以某种选定癌症的确诊病例的核酸数据出发通过构建点突变位点(SNV)组群、组建候选探针组、探针验证确认三个阶段获得可用于该癌症筛查的基因芯片探针。

技术领域

本发明涉及生物芯片领域，特别涉及一种癌症筛查用基因芯片探针的优选方法。

背景技术

生物芯片技术已经广泛应用于临床疾病诊断、健康管理、药物研究开发、动植物检疫、食品检测、环境监测、科学研究、法医学检测等众多领域，有广阔的应用前景，市场需求量非常大。

基因芯片是生物芯片中的一类，是通过在芯片的基片上定植一系列的序列已知探针而制备，可用于特定标记核酸的杂交检测，能通过识别检测与信息处理来报告检测对象中核酸信息。

基因芯片制造的关键技术是如何有效地获得基因芯片的特异性探针，只有获得特异的探针才能进行基因芯片的设计与生产，基因芯片探针的获取技术已经成为基因芯片产业的竞争核心。

当前，基因芯片探针的设计与优化技术主要掌握在国外几个大公司手中，已经形成一系列的癌症用药筛选芯片；但是，市场上还没有针对于中国人的癌症筛查基因芯片，这是国家注重民族基因资源保护的巨大贡献，同时也是我国基因芯片技术开发的巨大挑战，必须建立我国自己的癌症筛查基因芯片制造体系，而基因芯片探针设计又是重中之重。

发明内容

本发明为解决现有技术中存在不足，建立起包括构建点突变位点(SNV)组群、组建候选探针组、探针验证确认三个阶段的获得癌症筛查基因芯片探针的优化方法，优化获得的基因芯片探针可用于制造筛查癌症的基因芯片。

本发明的发明构思是：癌症是由于细胞不受控增殖造成，而细胞增殖的源头直接与DNA有关，DNA改变是造成癌症的根本原因；DNA序列的改变就存在于已经确诊的癌症病例的核酸检测数据中，只要筛选并获得某癌症的特异探针，就可以制造基因芯片对该癌症进行筛查，在癌症早期就进行干预治疗有效防止癌症的恶化。

为解决上述问题，本发明的技术方案如下：一种癌症筛查用基因芯片探针的优选方法，包括以下步骤：

S1确定某种癌症为筛查目标，获取该癌症确诊病例的核酸检测数据；

S2通过癌症确诊病例的核酸检测数据与人基因组大数据的序列比对，确定相应的点突变位点(SNV)并构建点突变位点(SNV)组群；

S3分别以点突变位点(SNV)组群中各个SNV位点为核心进行序列扩展和序列比对，筛选出可用于癌症筛查检测的SNV位点候选探针并组成候选探针组；

S4利用候选探针组中的选探针的序列信息制作测试芯片，进行探针验证确认，筛选出探针阳性检测结果与癌症确诊病例一致的候选探针，即为可用于癌症筛查的基因探针。

优选的，通过构建点突变位点(SNV)组群、组建候选探针组、探针验证确认三个阶段获得可筛查特定癌症的基因芯片探针。

优选的，利用某种癌症的确诊病例的核酸检测数据与人基因组大数据进行序列比对获得SNV位点及相应的SNV位点功能注释。

优选的，SNV位点功能注释包括SNV位点所在基因的功能注释和SNV位点所在染色体区段的功能注释。

优选的，候选探针是以SNV位点为核心通过序列扩展和序列比对组合的方式筛选获得。

优选的，候选探针的长度为15-25个核苷酸且候选探针与基因组中非其本身序列的其他序列的最长连续配对的碱基数为5-10个。

优选的，探针验证是以医院诊断结果为验证标准。