[发明专利]基于高通量测序寄生虱线粒体基因组组装的方法和应用

权利要求书

1.基于高通量测序寄生虱线粒体基因组组装的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

(1)提取寄生虱的全基因组DNA；

(2)以步骤(1)中全基因组DNA为模板，使用cox1基因的通用引物对cox1基因PCR进行扩增和测序，使用rrnS基因的通用引物对rrnS基因进行PCR扩增和测序，得cox1和rrnS基因部分保守序列；

(3)对步骤(1)的全基因组DNA样本构建成对末端基因组DNA文库，高通量测序得原始读数后，将原始读数进行删除适配器读取、冗余读取和富含‘N’的读取来过滤原始读数，得处理后的数据序列；

(4)导入步骤(2)中得到的cox1和rrnS基因部分保守序列，对步骤(3)中的处理后数据序列重新组装重叠群，直至重叠群的两端重叠，得两个扩增出来的序列；

(5)将步骤(4)中两个扩增出来的序列，进行多重序列对比，鉴定出保守的非编码区序列，并将其作为比对步骤(3)的数据序列的参考，进行运算组装，得到所述寄生虱线粒体基因组。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(2)中cox1基因的通用引物包括第一条引物为mtd6和第二条引物为mtd11，mtd6的DNA序列为SEQ ID NO:1所示，mtd11的DNA序列为SEQ ID NO:2所示。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，在步骤(2)中rrnS基因的通用引物包括第一条引物为12SA和第二条引物为12SB，12SA的DNA序列为SEQ ID NO:3所示，12SB的DNA序列为SEQ ID NO:4所示。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(1)前，对采集的寄生虱样本进行显微镜下观察拍照，并进行初步的形态学鉴定，随后用70％酒精封存虫体，并放入-40℃保存，同时记录样本信息，包括：时间，地点，宿主信息等。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(1)采用DNasy组织试剂盒提取寄生虱的全基因组DNA。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(3)中构建末端基因组DNA文库采用MiSeq或HiSeq PE300平台。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤(4)中组装重叠群采用最小重叠识别率99％，最小重叠150bp。

8.一种如权利要求1所述的基于高通量测序寄生虱线粒体基因组组装的方法的应用，其特征在于，所述应用为：对寄生虱的种类鉴定。