[发明专利]一种鉴定杏果皮毛性状的Indel标记、引物、应用和方法

说明书

本发明公开一种鉴定杏果皮毛性状的I nde l标记、引物、应用和方法，杏基因组第5染色体的第15454598位核苷酸，该核苷酸为T或纯合缺失。I nde l标记的序列如SEQ I D NO.1所示，其中R为T或纯合缺失。本发明在幼苗初期即能预判杏有无果皮毛,可以用于无果皮毛杏资源的早期筛选，在杂交育种初期就能筛选后代的杏的果皮毛表型，达到科研、新品种选育等要求，同时鉴于杏的童期长、杂交育种年限长等特点，本发明将会在很大程度上提高杏育种的筛选效率，缩短育种年限。

技术领域

本发明涉及生物技术领域。具体地说是一种鉴定杏果皮毛性状的Indel标记、引物、应用和方法。

背景技术

杏深受人们的喜爱，不仅风味独特、色泽艳丽，而且营养丰富。杏果实表皮大多被短绒毛，但在中国西部的新疆栽培杏呈现为果实表面光滑无毛。新疆栽培杏在杏产业中起着关键作用，无绒毛性状可直接影响杏的外观，对消费者的接受程度有影响。

杏因其遗传背景复杂、童期长、自交不亲和等特点严重制约了杏遗传育种及新品种的选育。因此通过开发与表型性状相关的标记,应用分子标记辅助育种,弥补常规杂交育种的缺陷,有利于定向选择育种,缩短育种年限,为杏育种的早期选择做铺垫。

发明内容

为此，本发明所要解决的技术问题在于提供一种用于无果皮毛杏资源的早期筛选的鉴定杏果皮毛性状的Indel标记、引物、应用和方法。

为解决上述技术问题，本发明提供如下技术方案：

一种鉴定杏果皮毛性状的Indel标记，杏基因组第5染色体的第15454598位核苷酸，该核苷酸为T或纯合缺失。

上述一种鉴定杏果皮毛性状的Indel标记，Indel标记的序列如SEQ ID NO.1所示，其中R为T或纯合缺失。

上述一种鉴定杏果皮毛性状的Indel标记，由于引物两端不稳定，Indel标记序列的SEQ ID NO.1的中间稳定序列如SEQ ID NO.4所示，其中R为T或纯合缺失。

用于鉴定上述杏果皮毛性状的Indel标记的引物，所述上游引物的序列如SEQ IDNO.2所示，所述下游引物的序列如SEQ ID NO.3所示。

鉴定杏果皮毛性状的Indel标记的应用，Indel标记看用于鉴定杏果皮毛性状，Indel标记的序列SEQ ID NO.1中，如果R为T，则为有果皮毛杏，如果R为纯合缺失，则为无果皮毛杏。

鉴定杏果皮毛性状的方法，包括如下步骤：

(1)提取待测杏基因组DNA；

(2)以待测杏基因组DNA为模板，利用上述引物对进行扩增，得到PCR扩增产物；

(3)对扩增产物进行Sanger测序；

(4)鉴定果皮毛性状。

上述鉴定杏果皮毛性状的方法，在步骤(2)中：扩增体系为：基因组DNA模板3μL，上游引物和下游引物各0.75μL、浓度均为10μmol/L，Premix Taq15μL，无菌水10.5μL，供给30μL。

上述鉴定杏果皮毛性状的方法，在步骤(2)中：扩增反应程序为：94℃预变性3min，94℃变性30S,55℃退火30S，72℃延伸30S，共33个循环，最后72℃延伸7min，于16℃保存。

上述鉴定杏果皮毛性状的方法，在步骤(2)中：待测杏样品的扩增产物取5μL，用1.0％的琼脂糖凝胶电泳检测是否扩增出目的片段。

上述鉴定杏果皮毛性状的方法，在步骤(4)中：在PCR扩增的稳定序列SEQ ID NO.4中的R位置出现缺失，即第106bp的位置出现缺失，则为无果皮毛杏；若在PCR的稳定序列SEQID NO.4中的R位置为T，即第106bp的位置为T，则为有果皮毛杏。