[发明专利]第二链引导在审
申请号: | 202110190675.7 | 申请日: | 2017-08-03 |
公开(公告)号: | CN113151423A | 公开(公告)日: | 2021-07-23 |
发明(设计)人: | R·雷伯弗斯基;J·阿格雷丝迪 | 申请(专利权)人: | 生物辐射实验室股份有限公司;生物辐射欧洲有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6869 | 分类号: | C12Q1/6869;C12N15/11 |
代理公司: | 上海专利商标事务所有限公司 31100 | 代理人: | 陈扬扬;陶家蓉 |
地址: | 美国加利*** | 国省代码: | 暂无信息 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 第二 引导 | ||
1.一种对测序平台特异性cDNA扩增子测序的方法,包括:
-提供测序平台特异性扩增子,其中所述测序平台特异性扩增子包含双链多核苷酸,所述双链多核苷酸包含:
i)包含SEQ ID NO:1的第一末端;
ii)包含SEQ ID NO:2的第二末端;和
iii)包含双链cDNA多核苷酸的中间区域,所述双链eDNA多核苷酸包含与mRNA序列互补的第一链cDNA多核苷酸,所述第一链cDNA多核苷酸与对应于所述mRNA序列的第二链cDNA多核苷酸杂交;并且
-用含有SEQ ID NO:8的第二测序引物从第二末端对扩增子测序。
2.如权利要求1所述的方法,其中所述第一末端包含第二链cDNA多核苷酸的3′聚腺苷酸区域,所述3′聚腺苷酸区域对应于mRNA序列的3′聚腺苷酸化区域。
3.如权利要求2所述的方法,其中所述第二链eDNA多核苷酸的长度小于相应mRNA长度的90%。
4.如权利要求1所述的方法,其中所述方法包括用第一测序引物从第一末端对扩增子进行测序,然后用第二测序引物从第二末端对扩增子进行测序。
5.如权利要求4所述的方法,其中所述第一测序引物自5′至3′包含GCCTGTCCGCGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTAC(SEQ ID NO:9)或自5′至3′包含ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT(SEQ ID NO:12)的序列。
6.如权利要求1所述的方法,其中所述第二测序引物自5′至3′包含AGATGTGTATAAGAGACAG(SEQ ID NO:10)。
7.如权利要求1所述的方法,其中所述第二测序引物自5′至3′包含TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG(SEQ ID NO:11)。
8.一种对多个测序平台特异性cDNA扩增子测序的方法,包括:
-提供多个测序平台特异性扩增子,其中单独测序平台特异性扩增子包含双链多核苷酸,所述双链多核苷酸包含:
i)包含SEQ ID NO:1的第一末端;
ii)包含SEQ ID NO:2的第二末端;和
iii)包含双链cDNA多核苷酸的中间区域,所述双链cDNA多核苷酸包含与mRNA序列互补的第一链cDNA多核苷酸,所述第一链cDNA多核苷酸与对应于所述mRNA序列的第二链cDNA多核苷酸杂交;
-用含有SEQ ID NO:8的第二测序引物从第二末端对扩增子的部分测序;并且
-用自5′至3′含有GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG(SEQ ID NO:12)的第三测序引物从第二末端对扩增子的部分测序。
9.如权利要求8所述的方法,其中所述第二测序引物包含SEQ ID NO:11。
10.一种包含5′末端和3′末端的引物,其中:
所述5′末端包含SEQ ID NO:2,且所述3′末端包含SEQ ID NO:8;或
所述5′末端包含SEQ ID NO:1,且所述3′末端包含SEQ ID NO:7。
11.如权利要求10所述的引物,其中所述5′末端包含SEQ ID NO:2,且所述3′末端包含SEQ ID NO:8。
12.如权利要求10所述的引物,其中所述引物包含SEQ ID NO:4。
13.如权利要求10所述的引物,其中所述5′末端包含SEQ ID NO:1,且所述3′末端包含SEQ ID NO:7。
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